| MirGeneDB ID | Gmo-Mir-128-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-128 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Cod (Gadus morhua) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | gmo-mir-128-3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Gmo-Mir-128-P2a Gmo-Mir-128-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-128-P1 Ami-Mir-128-P1 Bta-Mir-128-P1 Cfa-Mir-128-P1 Cja-Mir-128-P1 Cli-Mir-128-P1 Cmi-Mir-128-P1 Cpi-Mir-128-P1 Cpo-Mir-128-P1 Dno-Mir-128-P1 Dre-Mir-128-P1 Ebu-Mir-128 Eca-Mir-128-P1 Ete-Mir-128-P1 Gga-Mir-128-P1 Gja-Mir-128-P1 Hsa-Mir-128-P1 Laf-Mir-128-P1 Lch-Mir-128-P1 Loc-Mir-128-P1 Mal-Mir-128-P1 Mdo-Mir-128-P1 Mml-Mir-128-P1 Mmr-Mir-128-P1 Mmu-Mir-128-P1 Mun-Mir-128-P1 Neu-Mir-128-P1 Oan-Mir-128-P1 Ocu-Mir-128-P1 Pab-Mir-128-P1 Pbv-Mir-128-P1 Pma-Mir-128-o1 Rno-Mir-128-P1 Sha-Mir-128-P1 Spt-Mir-128-P1 Sto-Mir-128-P1 Tgu-Mir-128-P1 Tni-Mir-128-P1 Xla-Mir-128-P1a Xla-Mir-128-P1b Xtr-Mir-128-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Gadus_morhua.gadMor1.dna.toplevel) |
scaffold05867: 2159-2217 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CACAGUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGUGUGAUGUGUGUGUGUGGCAGUAGGGAAGGGGGCCGUUACACUGUCAGAGAUGUAGUCUCAGGGUCUCACAGUGAACCGGUCUCUUUUCCUGCUGCCUCUACUCUUCAGGUUGACUGGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 AGUGUGAUGUGUGUGUGU--| UUA CA UGUAGU GGCAGUAGGGAAGGGGGCCG CACUGU GAGA \ CCGUCGUCCUUUUCUCUGGC GUGACA CUCU C GUCAGUUGGACUUCUCAUCU^ CAA -- GGGACU 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Gmo-Mir-128-P1_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GGGGGCCGUUACACUGUCAGAGA -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Gmo-Mir-128-P1_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0044070 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UCACAGUGAACCGGUCUCUUU -59
Get sequence
|
