| MirGeneDB ID | Dya-Mir-281-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-281 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Fruit fly (Drosophila yakuba) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | dya-mir-281-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Dya-Mir-281-P2-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-281 Aga-Mir-281 Agr-Mir-281 Asu-Mir-281 Bfl-Mir-281 Bge-Mir-281 Bko-Mir-281 Bla-Mir-281 Bpl-Mir-281 Cin-Mir-281 Csc-Mir-281 Cte-Mir-281 Dan-Mir-281-P1-v1 Dgr-Mir-281 Dlo-Mir-281 Dma-Mir-281 Dme-Mir-281-P1-v1 Dmo-Mir-281-P1-v1 Dpu-Mir-281 Dsi-Mir-281-P1-v1 Eba-Mir-281 Ebu-Mir-281 Egr-Mir-281 Esc-Mir-281 Gpa-Mir-281-P1-v1 Gsa-Mir-281 Hme-Mir-281 Hru-Mir-281 Isc-Mir-281 Lhy-Mir-281 Llo-Mir-281 Mgi-Mir-281 Mom-Mir-281 Npo-Mir-281 Obi-Mir-281 Ofu-Mir-281 Ovu-Mir-281 Pca-Mir-281 Pcr-Mir-281 Pdu-Mir-281 Pfl-Mir-281 Rph-Mir-281 Sko-Mir-281 Sma-Mir-281 Sme-Mir-281 Snu-Mir-281 Sto-Mir-281 Tca-Mir-281 Tur-Mir-281 War-Mir-281 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Drosophila | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Nephrozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Drosophila_yakuba.dyak_caf1.dna.toplevel) |
2R: 8893361-8893427 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-281-P1-v1) |
Mir-281-P1-v1
2R: 8893361-8893427 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-281-P1-v2 2R: 8893362-8893426 [+] UCSC Ensembl Mir-281-P2-v1 2R: 8893568-8893634 [+] UCSC Ensembl Mir-281-P2-v2 2R: 8893568-8893634 [+] UCSC Ensembl Mir-988 2R: 8904878-8904935 [+] UCSC Ensembl |
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| Variant | Dya-Mir-281-P1-v1 |
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| Seed | GUCAUGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CGAAUCGAAUCCAUAUGCGAAUAAGUGAAUAAAGAGAGCUGUCCGUCGACAGUCCAGAAUUCAUUUAAUAUCACUGUCAUGGAAUUGCUCUCUUUGUAUAAUAUUCGACGAUGCGCUAUGAGGCUGAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CGAAUCGAAUCCAUAUG---| AG A UG- C CCAGAAUUC CGAAUA UG AUAAAGAGAGC UCCGU GACAGU \ GCUUAU AU UGUUUCUCUCG AGGUA CUGUCA A AGUCGGAGUAUCGCGUAGCA^ A- A UUA - CUAUAAUUU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Dya-Mir-281-P1-v1_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0009060 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AAAGAGAGCUGUCCGUCGACAGU -23
Get sequence
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| Mature sequence | Dya-Mir-281-P1-v1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0009061 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
44- UGUCAUGGAAUUGCUCUCUUUGU -67
Get sequence
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| Variant | Dya-Mir-281-P1-v2 |
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| Seed | UGUCAUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAAUCGAAUCCAUAUGCGAAUAAGUGAAUAAAGAGAGCUGUCCGUCGACAGUCCAGAAUUCAUUUAAUAUCACUGUCAUGGAAUUGCUCUCUUUGUAUAAUAUUCGACGAUGCGCUAUGAGGCUGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GAAUCGAAUCCAUAUGC---| AG A UG- C CCAGAAUUC GAAUA UG AUAAAGAGAGC UCCGU GACAGU \ CUUAU AU UGUUUCUCUCG AGGUA CUGUCA A GUCGGAGUAUCGCGUAGCAG^ A- A UUA - CUAUAAUUU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Dya-Mir-281-P1-v2_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0009060 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AAGAGAGCUGUCCGUCGACAGUC -23
Get sequence
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| Mature sequence | Dya-Mir-281-P1-v2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0009061 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
42- CUGUCAUGGAAUUGCUCUCUUUG -65
Get sequence
|
