| MirGeneDB ID | Dya-Mir-988 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-988 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Fruit fly (Drosophila yakuba) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-988 Aga-Mir-988 Dan-Mir-988 Dme-Mir-988 Dmo-Mir-988 Dsi-Mir-988 Gpa-Mir-988 Hme-Mir-988 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Panorpida | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Panorpida | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Drosophila_yakuba.dyak_caf1.dna.toplevel) |
2R: 8904878-8904935 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-988) |
Mir-281-P1-v1
2R: 8893361-8893427 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-281-P1-v2 2R: 8893362-8893426 [+] UCSC Ensembl Mir-281-P2-v1 2R: 8893568-8893634 [+] UCSC Ensembl Mir-281-P2-v2 2R: 8893568-8893634 [+] UCSC Ensembl Mir-988 2R: 8904878-8904935 [+] UCSC Ensembl |
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| Seed | CCCUUGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUUUUCAUGGCGUUACUGGGCAUUUUGGGUGUGUGAUUUGUAGCAAAGUGAUAUGUAUUUGAUCAUCCCCUUGUUGCAAACCUCACGCCAAAGGUGACCUGCGAAAUACACAGGGAUAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UUUUUCAUGGCGUUACU- -| G UGA AGU AUGUA GGG CAUUUU GGUGUG UUUGUAGCAA GAU U UCC GUGGAA CCGCAC AAACGUUGUU CUA U AUAGGGACACAUAAAGCG A^ A UCC CCC CUAGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Dya-Mir-988_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GUGUGAUUUGUAGCAAAGUGAU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Dya-Mir-988_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- CCCCUUGUUGCAAACCUCACGC -58
Get sequence
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