| MirGeneDB ID | Dre-Mir-218-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-218 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Zebrafish (Danio rerio) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | dre-mir-218a-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Dre-Mir-218-P2 Dre-Mir-218-P3 Dre-Mir-218-P4-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-218-P4 Ami-Mir-218-P4 Bta-Mir-218-P4 Cfa-Mir-218-P4 Cja-Mir-218-P4 Cli-Mir-218-P4 Cmi-Mir-218-P4 Cpi-Mir-218-P4 Cpo-Mir-218-P4 Dno-Mir-218-P4 Eca-Mir-218-P4 Ete-Mir-218-P4 Gga-Mir-218-P4 Gja-Mir-218-P4 Gmo-Mir-218-P4 Hsa-Mir-218-P4 Laf-Mir-218-P4 Lch-Mir-218-P4 Loc-Mir-218-P4 Mal-Mir-218-P4 Mdo-Mir-218-P4 Mml-Mir-218-P4 Mmr-Mir-218-P4 Mmu-Mir-218-P4 Oan-Mir-218-P4 Ocu-Mir-218-P4 Pab-Mir-218-P4 Pbv-Mir-218-P4 Rno-Mir-218-P4 Sha-Mir-218-P4 Spt-Mir-218-P4 Sto-Mir-218-P4 Tgu-Mir-218-P4 Tni-Mir-218-P4 Xla-Mir-218-P4a Xla-Mir-218-P4b Xtr-Mir-218-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (danRer11) |
chr14: 24562812-24562870 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-218-P4-v2) |
Mir-218-P4-v1
chr14: 24562809-24562873 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-218-P4-v2 chr14: 24562812-24562870 [-] UCSC Ensembl |
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| Variant | Dre-Mir-218-P4-v2 |
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| Seed | CACAUGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CACUCUGGCCUAUGGUGCAGCUGUCUCUUGUGCUUGAUCUAACCAUGUGCCGCCGCCUACACAAGCCUCACAUGGUUCCGUCAAGCACCAGGGACCGCUGGGCACACUCGCACACAGCAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CACUCUGGCCUAUGGUG--| U U CU CC CCGCCU CAGC GUCUCU GUGCUUGAU AACCAUGUG G \ GUCG CAGGGA CACGAACUG UUGGUACAC C A ACGACACACGCUCACACGG^ C C CC UC GAACAC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Dre-Mir-218-P4-v2_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0001868 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGCUUGAUCUAACCAUGUGCCG -22
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanFish: dre-miR-218a |
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| Mature sequence | Dre-Mir-218-P4-v2_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UCACAUGGUUCCGUCAAGCACC -59
Get sequence
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| Variant | Dre-Mir-218-P4-v1 |
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| Seed | UGUGCUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUCCACUCUGGCCUAUGGUGCAGCUGUCUCUUGUGCUUGAUCUAACCAUGUGCCGCCGCCUACACAAGCCUCACAUGGUUCCGUCAAGCACCAGGGACCGCUGGGCACACUCGCACACAGCAUGGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CUCCACUCUGGCCUAUG--| G U U CU CCGCCGCCU GU CAGC GUCUCU GUGCUUGAU AACCAUGUG \ CG GUCG CAGGGA CACGAACUG UUGGUACAC A GGUACGACACACGCUCACA^ G C C CC UCCGAACAC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Dre-Mir-218-P4-v1_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0001868 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUGUGCUUGAUCUAACCAUGUG -22
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanFish: dre-miR-218a |
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| Star sequence | Dre-Mir-218-P4-v1_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
43- CAUGGUUCCGUCAAGCACCAGG -65
Get sequence
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