MirGeneDB ID | Dre-Mir-218-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-218 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Zebrafish (Danio rerio) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | dre-mir-218b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Dre-Mir-218-P2 Dre-Mir-218-P4-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Gmo-Mir-218-P3 Lch-Mir-218-P3 Loc-Mir-218-P3 Mal-Mir-218-P3 Pma-Mir-218-o3 Tni-Mir-218-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (danRer11) |
chr10: 17695275-17695332 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UGUGCUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AAGGAGUUUCUGCUUUUGCCCAGGACACCAUUGUGCUUGAUCUAACCAUGCAGUUCCCUUUCUGUCCAUGGUUGUGCCAAGCACUUUGGAGACUUGUGUGCACUUUCUUCUGCCUUUUGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 AAGGAGUUUCUGCUUUU--| C ACA UU AUC CAGUUCC GC CAGG CCA GUGCUUG UAACCAUG C UG GUUC GGU CACGAAC GUUGGUAC U UUUUCCGUCUUCUUUCACG^ U AGA UU CGU CUGUCUU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Dre-Mir-218-P3_5p |
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mirBase accession | MIMAT0001869 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UUGUGCUUGAUCUAACCAUGC -21
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanFish: dre-miR-218b |
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Star sequence | Dre-Mir-218-P3_3p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- AUGGUUGUGCCAAGCACUUUG -58
Get sequence
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