MirGeneDB ID | Gmo-Mir-218-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-218 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Cod (Gadus morhua) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | gmo-mir-218b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Gmo-Mir-218-P2 Gmo-Mir-218-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Dre-Mir-218-P3 Lch-Mir-218-P3 Loc-Mir-218-P3 Mal-Mir-218-P3 Pma-Mir-218-o3 Tni-Mir-218-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Gadus_morhua.gadMor1.dna.toplevel) |
GeneScaffold_3571: 41286-41343 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UGUGCUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AACGGGUGGAUGUCUUUGCCCAGGACCCCAUUGUGCUUGAUCUAACCAUGCAGUGCGUCUUCUGUCCAUGGUUGUACCAAGCACCUUGGAGGCUUGCGAGCACUUGUCUUCUCUUUCGGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 AACGGGUGGAUGUCUUUGCC--| A - UU AUC CAGUGCG CAGG CC CCA GUGCUUG UAACCAUG U GUUC GG GGU CACGAAC GUUGGUAC C GCUUUCUCUUCUGUUCACGAGC^ - A UC CAU CUGUCUU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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Comment | Mirbase gives the reverse complement of this gene. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Gmo-Mir-218-P3_5p |
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mirBase accession | MIMAT0044228 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UUGUGCUUGAUCUAACCAUGCA -22
Get sequence
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Star sequence | Gmo-Mir-218-P3_3p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- CAUGGUUGUACCAAGCACCUUG -58
Get sequence
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