MirGeneDB ID | Dre-Mir-128-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-128 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Zebrafish (Danio rerio) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | dre-mir-128-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Dre-Mir-128-P1 Dre-Mir-128-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-128-P2 Ami-Mir-128-P2 Bta-Mir-128-P2 Cfa-Mir-128-P2 Cja-Mir-128-P2 Cli-Mir-128-P2 Cmi-Mir-128-P2 Cpi-Mir-128-P2 Cpo-Mir-128-P2 Dno-Mir-128-P2 Ebu-Mir-128 Eca-Mir-128-P2 Ete-Mir-128-P2 Gga-Mir-128-P2 Gja-Mir-128-P2 Gmo-Mir-128-P2a Hsa-Mir-128-P2 Laf-Mir-128-P2 Lch-Mir-128-P2 Loc-Mir-128-P2 Mal-Mir-128-P2a Mdo-Mir-128-P2 Mml-Mir-128-P2 Mmr-Mir-128-P2 Mmu-Mir-128-P2 Mun-Mir-128-P2 Neu-Mir-128-P2 Oan-Mir-128-P2 Ocu-Mir-128-P2 Pab-Mir-128-P2 Pbv-Mir-128-P2 Pma-Mir-128-o2 Rno-Mir-128-P2 Sha-Mir-128-P2 Spt-Mir-128-P2 Sto-Mir-128-P2 Tgu-Mir-128-P2 Tni-Mir-128-P2a Xtr-Mir-128-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (danRer11) |
chr22: 12374807-12374865 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CACAGUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUGCGCAGAUGGAGGAGGAGUGCUGGGAGACGGGGCCGUGGCACUGUAUGAGAUUCAUGUAGGCUUUCUCACAGUGAACCGGUCUCUUUUUCCAGCCCUCACUGACAACUCUGAACUAAGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 CUGCGCAGAUGGAGGAG--| U C UGG AU UUCAUG GAG GCUGGGAGA GGGGCCG CACUGU GAGA \ CUC CGACCUUUU CUCUGGC GUGACA CUCU U AAUCAAGUCUCAACAGUCA^ C U CAA -- UUCGGA 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Dre-Mir-128-P2a_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0031967 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CGGGGCCGUGGCACUGUAUGAGA -23
Get sequence
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Mature sequence | Dre-Mir-128-P2a_3p |
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mirBase accession | MIMAT0001824 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- UCACAGUGAACCGGUCUCUUU -59
Get sequence
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