MirGeneDB ID | Tni-Mir-128-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-128 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Pufferfish (Tetraodon nigroviridis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | tni-mir-128-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Tni-Mir-128-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-128-P2 Ami-Mir-128-P2 Bta-Mir-128-P2 Cfa-Mir-128-P2 Cja-Mir-128-P2 Cli-Mir-128-P2 Cmi-Mir-128-P2 Cpi-Mir-128-P2 Cpo-Mir-128-P2 Dno-Mir-128-P2 Dre-Mir-128-P2a Ebu-Mir-128 Eca-Mir-128-P2 Ete-Mir-128-P2 Gga-Mir-128-P2 Gja-Mir-128-P2 Gmo-Mir-128-P2a Hsa-Mir-128-P2 Laf-Mir-128-P2 Lch-Mir-128-P2 Loc-Mir-128-P2 Mal-Mir-128-P2a Mdo-Mir-128-P2 Mml-Mir-128-P2 Mmr-Mir-128-P2 Mmu-Mir-128-P2 Mun-Mir-128-P2 Neu-Mir-128-P2 Oan-Mir-128-P2 Ocu-Mir-128-P2 Pab-Mir-128-P2 Pbv-Mir-128-P2 Pma-Mir-128-o2 Rno-Mir-128-P2 Sha-Mir-128-P2 Spt-Mir-128-P2 Sto-Mir-128-P2 Tgu-Mir-128-P2 Xtr-Mir-128-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Tetraodon_nigroviridis.TETRAODON8.dna.toplevel) |
3: 4160313-4160370 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CACAGUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCAGAAGUUUAGCACCGGAGAGGCUGCAUACGGGGCCGGGACGCUGUUUGAGAGUCCACUAUGAAUCUCACAGUGAACCGGUCUCUUUUGCAGCCCCUUACUCCUCACCUGCUGCAGCGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 GCAGAAGUUUAGCACCG--| A UAC GA UU GUCCA GAG GGCUGCA GGGGCCGG CGCUGU GAGA C UUC CCGACGU CUCUGGCC GUGACA CUCU U CGACGUCGUCCACUCCUCA^ C UUU AA -- AAGUA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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Comment | There is a second Drosha cut -1 on the 3p arm. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Tni-Mir-128-P2a_5p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CGGGGCCGGGACGCUGUUUGAGA -23
Get sequence
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Mature sequence | Tni-Mir-128-P2a_3p |
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mirBase accession | MIMAT0003019 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- UCACAGUGAACCGGUCUCUUU -58
Get sequence
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