MirGeneDB ID | Aca-Mir-128-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-128 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Green anole lizard (Anolis carolinensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | aca-mir-128-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Aca-Mir-128-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Ami-Mir-128-P2 Bta-Mir-128-P2 Cfa-Mir-128-P2 Cja-Mir-128-P2 Cli-Mir-128-P2 Cmi-Mir-128-P2 Cpi-Mir-128-P2 Cpo-Mir-128-P2 Dno-Mir-128-P2 Dre-Mir-128-P2a Dre-Mir-128-P2b Ebu-Mir-128 Eca-Mir-128-P2 Ete-Mir-128-P2 Gga-Mir-128-P2 Gja-Mir-128-P2 Gmo-Mir-128-P2a Gmo-Mir-128-P2b Hsa-Mir-128-P2 Laf-Mir-128-P2 Lch-Mir-128-P2 Loc-Mir-128-P2 Mal-Mir-128-P2a Mdo-Mir-128-P2 Mml-Mir-128-P2 Mmr-Mir-128-P2 Mmu-Mir-128-P2 Mun-Mir-128-P2 Neu-Mir-128-P2 Oan-Mir-128-P2 Ocu-Mir-128-P2 Pab-Mir-128-P2 Pbv-Mir-128-P2 Pma-Mir-128-o2 Rno-Mir-128-P2 Sha-Mir-128-P2 Spt-Mir-128-P2 Sto-Mir-128-P2 Tgu-Mir-128-P2 Tni-Mir-128-P2a Xla-Mir-128-P2c Xla-Mir-128-P2d Xtr-Mir-128-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (anoCar2) |
1: 96668164-96668219 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CACAGUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGGUUGGCUUUAUUCCUGAGCUGUUGGAUUCGGGGCCGUAACACUGUCUGAGAGGGUUACAUUUCUCACAGUGAACCGGUCUCUUUUUCAGCUGCUUCCUAGCUUCCUUUUUAAAGGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 AGGUUGGCUUUAUUCCU--| U UUC UAA CU GGGU GAGC GUUGGA GGGGCCG CACUGU GAGA U UUCG CGACUU CUCUGGC GUGACA CUCU A GAAAUUUUUCCUUCGAUCC^ U UUU CAA -- UUAC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Aca-Mir-128-P2_5p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CGGGGCCGUAACACUGUCUGAGA -23
Get sequence
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Mature sequence | Aca-Mir-128-P2_3p |
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mirBase accession | MIMAT0021733 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
35- UCACAGUGAACCGGUCUCUUU -56
Get sequence
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