MirGeneDB ID | Cpi-Mir-26-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-26 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Western painted turtle (Chrysemys picta bellii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cpi-mir-26-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cpi-Mir-26-P1 Cpi-Mir-26-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-26-P4 Ami-Mir-26-P4 Bta-Mir-26-P4 Cfa-Mir-26-P4 Cja-Mir-26-P4 Cpo-Mir-26-P4 Dno-Mir-26-P4 Dre-Mir-26-P4 Eca-Mir-26-P4 Ete-Mir-26-P4 Gga-Mir-26-P4 Gja-Mir-26-P4 Gmo-Mir-26-P4 Hsa-Mir-26-P4 Laf-Mir-26-P4 Lch-Mir-26-P4 Loc-Mir-26-P4 Mal-Mir-26-P4 Mdo-Mir-26-P4 Mml-Mir-26-P4 Mmr-Mir-26-P4 Mmu-Mir-26-P4 Mun-Mir-26-P4 Neu-Mir-26-P4 Oan-Mir-26-P4 Ocu-Mir-26-P4 Pab-Mir-26-P4 Pbv-Mir-26-P4 Pma-Mir-26-o4 Rno-Mir-26-P4 Sha-Mir-26-P4 Spt-Mir-26-P4 Sto-Mir-26-P4 Tgu-Mir-26-P4 Tni-Mir-26-P4 Xla-Mir-26-P4a Xla-Mir-26-P4b Xtr-Mir-26-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (chrPic1) |
JH584683: 12190854-12190914 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UCAAGUA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CGCGGAGGAUCUGCGGAGGCCGUAGCCCGGUUCAAGUAAUCCAGGAUAGGCUGUUACCAGGCAGCACGGCCUAUUCUUGAUUACUUGUUUCAGGAGGCGGCUGCUGGCGCCGGAGGAAGAUGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 CGCGGAGGAUCUGCGGA--| AG C UU C GUUACCA GGCCGU CC GG CAAGUAAUC AGGAUAGGCU \ UCGGCG GG CU GUUCAUUAG UCUUAUCCGG G UAGAAGGAGGCCGCGGUCG^ GA A UU U CACGACG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Cpi-Mir-26-P4_5p |
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mirBase accession | MIMAT0037660 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UUCAAGUAAUCCAGGAUAGGCU -22
Get sequence
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Star sequence | Cpi-Mir-26-P4_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0037662 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- CCUAUUCUUGAUUACUUGUUUC -61
Get sequence
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