MirGeneDB ID | Ami-Mir-26-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-26 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | American alligator (Alligator mississippiensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | ami-mir-26-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Ami-Mir-26-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-26-P4 Bta-Mir-26-P4 Cfa-Mir-26-P4 Cja-Mir-26-P4 Cpi-Mir-26-P4 Cpo-Mir-26-P4 Dno-Mir-26-P4 Dre-Mir-26-P4 Eca-Mir-26-P4 Ete-Mir-26-P4 Gga-Mir-26-P4 Gja-Mir-26-P4 Gmo-Mir-26-P4 Hsa-Mir-26-P4 Laf-Mir-26-P4 Lch-Mir-26-P4 Loc-Mir-26-P4 Mal-Mir-26-P4 Mdo-Mir-26-P4 Mml-Mir-26-P4 Mmr-Mir-26-P4 Mmu-Mir-26-P4 Mun-Mir-26-P4 Neu-Mir-26-P4 Oan-Mir-26-P4 Ocu-Mir-26-P4 Pab-Mir-26-P4 Pbv-Mir-26-P4 Pma-Mir-26-o4 Rno-Mir-26-P4 Sha-Mir-26-P4 Spt-Mir-26-P4 Sto-Mir-26-P4 Tgu-Mir-26-P4 Tni-Mir-26-P4 Xla-Mir-26-P4a Xla-Mir-26-P4b Xtr-Mir-26-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_000281125.3_ASM28112v4_AMI_add) |
NW_017714443.1: 114276-114335 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UCAAGUA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CGGAGCAGGACCCAUGGGGUCACGGCCCGGUUCAAGUAAUCCAGGAUAGGCUGGUGCCAGGCCCGUGGCCUAUUCUCGAUUACUUGUCUCGGGACGUGGCUGCUGGCACGGCGACGCUGGGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 CGGAGCAGGACCCAUGG--| G UU C GGUGCC GGUCACG CCCGG CAAGUAAUC AGGAUAGGCU A UCGGUGC GGGCU GUUCAUUAG UCUUAUCCGG G GGUCGCAGCGGCACGGUCG^ A CU C UGCCCG . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Ami-Mir-26-P4_5p |
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mirBase accession | MIMAT0038064 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UUCAAGUAAUCCAGGAUAGGCU -22
Get sequence
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Star sequence | Ami-Mir-26-P4_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0038066 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- CCUAUUCUCGAUUACUUGUCUC -60
Get sequence
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