| MirGeneDB ID | Cpi-Mir-1677-P1a2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-1677 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Western painted turtle (Chrysemys picta bellii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cpi-mir-1677g-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cpi-Mir-1677-o6 Cpi-Mir-1677-o7 Cpi-Mir-1677-o8 Cpi-Mir-1677-P1a1 Cpi-Mir-1677-P1b Cpi-Mir-1677-P2 Cpi-Mir-1677-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-1677-o1 Cli-Mir-1677-P1 Gga-Mir-1677-P1 Tgu-Mir-1677-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | C. picta | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Diapsida | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (chrPic1) |
JH584677: 2398652-2398709 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-1677-P1a2) |
Mir-1677-P1a1
JH584677: 2397667-2397724 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-1677-P1a2 JH584677: 2398652-2398709 [+] UCSC Ensembl |
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| Seed | GACUUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
NAUAACGUUUCACUUAGUCUGAAGGUGAAAUCCUGGCUCUGUUGAUGUCUAUAGAAGUUUUACCAUUGACUUCAGUAGAAUCAGGAUUUCUCCCUCAUGAGUGUUUACACUUCAGAAGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 NAUAACGUUUCACUUAG- -| A U GC U UAUAGAAG UC UGA GG GAAAUCCUG UCUGUUGA GUC U AG ACU CC CUUUAGGAC AGAUGACU CAG U GAAGACUUCACAUUUGUG U^ C U UA U UUACCAUU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cpi-Mir-1677-P1a2_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCCUGGCUCUGUUGAUGUCUAU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Cpi-Mir-1677-P1a2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0037931 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- UGACUUCAGUAGAAUCAGGAUU -58
Get sequence
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