| MirGeneDB ID | Cpi-Mir-1677-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-1677 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Western painted turtle (Chrysemys picta bellii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cpi-mir-1784 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cpi-Mir-1677-o6 Cpi-Mir-1677-o7 Cpi-Mir-1677-o8 Cpi-Mir-1677-P1a1 Cpi-Mir-1677-P1a2 Cpi-Mir-1677-P1b Cpi-Mir-1677-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Ami-Mir-1677-o4 Cli-Mir-1677-P4 Gga-Mir-1677-P4 Tgu-Mir-1677-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Archelosauria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Diapsida | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (chrPic1) |
JH584713: 3364024-3364081 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UCUGCUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUUGUUAUGGAUCAAUUUCUUAGGGCCCAAUUCUGCUCUCAUUCAAAUCAAUGAGAGUUCUACCAUUGACUUAACUGGGAGCACAAUUGGGACCUAAGACGGAAUUCCUAAGUUCUGGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CUUGUUAUGGAUCAAUU--| G C UUCAAA AGAG UCUUAGG CCCAAUU UGCUCUCA UCAAUG U AGAAUCC GGGUUAA ACGAGGGU AGUUAC U GGUCUUGAAUCCUUAAGGC^ A C CAAUUC CAUC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cpi-Mir-1677-P4_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUCUGCUCUCAUUCAAAUCAAUG -23
Get sequence
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| Star sequence | Cpi-Mir-1677-P4_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | MIMAT0037935 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- UUGACUUAACUGGGAGCACAAUU -58
Get sequence
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