| MirGeneDB ID | Cpi-Mir-1677-P1b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-1677 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Western painted turtle (Chrysemys picta bellii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cpi-mir-1677g-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cpi-Mir-1677-o6 Cpi-Mir-1677-o7 Cpi-Mir-1677-o8 Cpi-Mir-1677-P1a1 Cpi-Mir-1677-P1a2 Cpi-Mir-1677-P2 Cpi-Mir-1677-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-1677-o1 Cli-Mir-1677-P1 Gga-Mir-1677-P1 Tgu-Mir-1677-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | C. picta | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Diapsida | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (chrPic1) |
JH584486: 3339783-3339839 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GACUUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUAGUGGAAAUGUAUAGCUGUUGAGCUGAAUCCUGGUUCCACUGAAAUAAUGGUAGUUUUGUCGUUGACUUCAGUAGAAUCAGGAUUUGGCUCAUAAUUAGCUGUGUAAAGCUCCUCGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 UUAGUGGAAAUGUAUAGCUGU-- UG C A-| GGUAG UGAGC AAUCCUGGUUC ACUGAA UAAU U ACUCG UUAGGACUAAG UGACUU GUUG U CUCCUCGAAAUGUGUCGAUUAAU GU A CA^ CUGUU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Cpi-Mir-1677-P1b_5p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCCUGGUUCCACUGAAAUAAU -21
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Cpi-Mir-1677-P1b_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0037931 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- UGACUUCAGUAGAAUCAGGAUU -57
Get sequence
|
