MirGeneDB ID | Aca-Mir-1677-o1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-1677 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Green anole lizard (Anolis carolinensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | aca-mir-1677a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Aca-Mir-1677-P7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Cli-Mir-1677-P1 Cpi-Mir-1677-P1a1 Cpi-Mir-1677-P1a2 Cpi-Mir-1677-P1b Gga-Mir-1677-P1 Tgu-Mir-1677-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | A. carolinensis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Diapsida | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (anoCar2) |
5: 15152952-15153008 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GACUUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UAUACUUUUUAUUCUGGUAUAAAGUGUUAAUCCUCCCCUAUUGAAAUCAAUGGGAUGCCUGCCACUGACUUCAAUAGGAGUAGGAUGACACUAUAUGAUGUUAUAAAAUUUGUGAUUGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 UAUACUUUUUAUUCUGG---| A A CC- A AUGGGAU UAUA AGUGUUA UCCU CCUAUUGAA UCA G GUAU UCACAGU AGGA GGAUAACUU AGU C UUAGUGUUUAAAAUAUUGUA^ A - UGA C CACCGUC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Aca-Mir-1677-o1_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UCCUCCCCUAUUGAAAUCAAU -21
Get sequence
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Mature sequence | Aca-Mir-1677-o1_3p (predicted) |
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mirBase accession | MIMAT0021796 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
35- UGACUUCAAUAGGAGUAGGAUG -57
Get sequence
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