MirGeneDB ID | Cli-Mir-138-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-138 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Rock pigeon (Columba livia) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cli-mir-138-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cli-Mir-138-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-138-P1 Ami-Mir-138-P1 Bta-Mir-138-P1 Cfa-Mir-138-P1 Cja-Mir-138-P1 Cmi-Mir-138-P1 Cpo-Mir-138-P1 Dno-Mir-138-P1 Dre-Mir-138-P1a Eca-Mir-138-P1 Ete-Mir-138-P1 Gga-Mir-138-P1 Gja-Mir-138-P1 Gmo-Mir-138-P1a Gmo-Mir-138-P1b Hsa-Mir-138-P1 Laf-Mir-138-P1 Lch-Mir-138-P1 Loc-Mir-138-P1 Mal-Mir-138-P1a Mal-Mir-138-P1b Mdo-Mir-138-P1 Mml-Mir-138-P1 Mmr-Mir-138-P1 Mmu-Mir-138-P1 Mun-Mir-138-P1 Neu-Mir-138-P1 Oan-Mir-138-P1 Ocu-Mir-138-P1 Pab-Mir-138-P1 Pbv-Mir-138-P1 Pma-Mir-138-o1 Rno-Mir-138-P1 Sha-Mir-138-P1 Spt-Mir-138-P1 Sto-Mir-138-P1 Tgu-Mir-138-P1 Tni-Mir-138-P1a Xla-Mir-138-P1c Xla-Mir-138-P1d Xtr-Mir-138-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (colLiv2) |
scaffold380: 712512-712572 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GCUGGUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCCAGGGGACCCCCUCAGGUGCCGUGCAGCAGCUGGUGUUGUGAAUCAGGCCGUCACCAGUCGGAGAACGGCUACUUCACAACACCAGGGUCGCACCGCACCACAGUUCGACCACCGGCCGGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 60 GCCAGGGGACCCCCUCA--| C A AG UCA UCACCAG GGUGC GUGC GC CUGGUGUUGUGAA GGCCG \ CCACG CACG UG GACCACAACACUU UCGGC U GCCGGCCACCAGCUUGACA^ C C G- CA- AAGAGGC . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Cli-Mir-138-P1_5p |
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mirBase accession | MIMAT0038522 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGCUGGUGUUGUGAAUCAGGCCG -23
Get sequence
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Star sequence | Cli-Mir-138-P1_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0038523 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
40- GCUACUUCACAACACCAGGGU -61
Get sequence
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