| MirGeneDB ID | Xtr-Mir-138-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-138 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Tropical clawed frog (Xenopus tropicalis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | xtr-mir-138 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-138-P1 Ami-Mir-138-P1 Bta-Mir-138-P1 Cfa-Mir-138-P1 Cja-Mir-138-P1 Cli-Mir-138-P1 Cmi-Mir-138-P1 Cpo-Mir-138-P1 Dno-Mir-138-P1 Dre-Mir-138-P1a Eca-Mir-138-P1 Ete-Mir-138-P1 Gga-Mir-138-P1 Gja-Mir-138-P1 Gmo-Mir-138-P1a Gmo-Mir-138-P1b Hsa-Mir-138-P1 Laf-Mir-138-P1 Lch-Mir-138-P1 Loc-Mir-138-P1 Mal-Mir-138-P1a Mal-Mir-138-P1b Mdo-Mir-138-P1 Mml-Mir-138-P1 Mmr-Mir-138-P1 Mmu-Mir-138-P1 Mun-Mir-138-P1 Neu-Mir-138-P1 Oan-Mir-138-P1 Ocu-Mir-138-P1 Pab-Mir-138-P1 Pbv-Mir-138-P1 Pma-Mir-138-o1 Rno-Mir-138-P1 Sha-Mir-138-P1 Spt-Mir-138-P1 Sto-Mir-138-P1 Tgu-Mir-138-P1 Tni-Mir-138-P1a Xla-Mir-138-P1c Xla-Mir-138-P1d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (xenTro9_add) |
chr6: 73571452-73571512 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GCUGGUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAGCUUAUAAGGAUCACGGUGCGGAGCAGCAGCUGGUGUUGUGAAUCAGGCCGUGACCACUCAGAAAACGGCUACUUCACAACACCAGGGUUGCUUCUCACCUCUGCCAGCAUUUGGACAUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CAGCUUAUAAGGAUCAC--| C AG UCA UGACCAC GGUG GGAGCAGC CUGGUGUUGUGAA GGCCG \ CCAC CUUCGUUG GACCACAACACUU UCGGC U UACAGGUUUACGACCGUCU^ U G- CA- AAAAGAC . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Xtr-Mir-138-P1_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0003599 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGCUGGUGUUGUGAAUCAGGCCG -23
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: xtr-miR-138 |
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| Star sequence | Xtr-Mir-138-P1_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- GCUACUUCACAACACCAGGGU -61
Get sequence
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