| MirGeneDB ID | Cfa-Mir-208-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-208 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Dog (Canis familiaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cfa-mir-208b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cfa-Mir-208-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-208-P1-v1 Cja-Mir-208-P1 Cpo-Mir-208-P1-v1 Dno-Mir-208-P1-v1 Dre-Mir-208-P1 Ebu-Mir-208-o1 Eca-Mir-208-P1-v1 Ete-Mir-208-P1a Ete-Mir-208-P1b Gmo-Mir-208-P1 Hsa-Mir-208-P1-v1 Laf-Mir-208-P1 Lch-Mir-208-P1 Loc-Mir-208-P1c Loc-Mir-208-P1d Loc-Mir-208-P1e Mal-Mir-208-P1 Mdo-Mir-208-P1 Mml-Mir-208-P1-v1 Mmr-Mir-208-P1-v1 Mmu-Mir-208-P1-v1 Mun-Mir-208-P1 Neu-Mir-208-P1 Ocu-Mir-208-P1-v1 Pab-Mir-208-P1 Rno-Mir-208-P1-v1 Sha-Mir-208-P1 Sto-Mir-208-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (canFam3_add) |
chr8: 3665170-3665226 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-208-P1-v1) |
Mir-208-P2
chr8: 3636925-3636981 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-208-P1-v1 chr8: 3665170-3665226 [-] UCSC Ensembl Mir-208-P1-v2 chr8: 3665170-3665226 [-] UCSC Ensembl |
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| Variant | Cfa-Mir-208-P1-v1 |
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| Seed | UAAGACG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCAGGGCCCCAGCUCCUUCUCCUCUCAGGGAAGCUUUUUGCUCGCGUUAUGUUUCUCAUCCGAAUAUAAGACGAACAAAAGGUUUGUCUGAGGGUAGAGUGCUCCCACCAGGGGCAGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CCAGGGCCCCAGCUCCU--| C G C CG UUCUC UCU CUCUCAGG AAGCUUUUUG UCG UUAUGU \ AGA GGGAGUCU UUUGGAAAAC AGC AAUAUA A GACGGGGACCACCCUCGUG^ U G A AG AGCCU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cfa-Mir-208-P1-v1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AAGCUUUUUGCUCGCGUUAUGU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Cfa-Mir-208-P1-v1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0009869 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- AUAAGACGAACAAAAGGUUUGU -57
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: cfa-miR-208b miRDB: MIMAT0009869 |
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| Variant | Cfa-Mir-208-P1-v2 |
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| Seed | AUAAGAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCAGGGCCCCAGCUCCUUCUCCUCUCAGGGAAGCUUUUUGCUCGCGUUAUGUUUCUCAUCCGAAUAUAAGACGAACAAAAGGUUUGUCUGAGGGUAGAGUGCUCCCACCAGGGGCAGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CCAGGGCCCCAGCUCCU--| C G C CG UCUC UCU CUCUCAGG AAGCUUUUUG UCG UUAUGUU \ AGA GGGAGUCU UUUGGAAAAC AGC AAUAUAA A GACGGGGACCACCCUCGUG^ U G A AG GCCU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cfa-Mir-208-P1-v2_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AAGCUUUUUGCUCGCGUUAUGUU -23
Get sequence
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| Mature sequence | Cfa-Mir-208-P1-v2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0009869 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
34- UAUAAGACGAACAAAAGGUUUGU -57
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: cfa-miR-208b miRDB: MIMAT0009869 |
