| MirGeneDB ID | Cfa-Mir-199-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-199 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Dog (Canis familiaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cfa-mir-199-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cfa-Mir-199-P1-v1 Cfa-Mir-199-P2-v1 Cfa-Mir-199-P3-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-199-P3-v1 Ami-Mir-199-P3-v1 Bta-Mir-199-P3-v1 Cja-Mir-199-P3-v1 Cpi-Mir-199-P3-v1 Cpo-Mir-199-P3-v1 Dre-Mir-199-P3-v1 Eca-Mir-199-P3-v1 Ete-Mir-199-P3-v1 Gja-Mir-199-P3-v1 Gmo-Mir-199-P3-v1 Hsa-Mir-199-P3-v1 Laf-Mir-199-P3-v1 Lch-Mir-199-P3 Loc-Mir-199-P3-v1 Mal-Mir-199-P3-v1 Mdo-Mir-199-P3-v1 Mml-Mir-199-P3-v1 Mmr-Mir-199-P3-v1 Mmu-Mir-199-P3-v1 Mun-Mir-199-P3-v1 Neu-Mir-199-P3-v1 Ocu-Mir-199-P3-v1 Pab-Mir-199-P3-v1 Pbv-Mir-199-P3-v1 Pma-Mir-199-o3 Sha-Mir-199-P3-v1 Tni-Mir-199-P3-v1 Xla-Mir-199-P3a Xla-Mir-199-P3b Xtr-Mir-199-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (canFam3_add) |
chr20: 50410923-50410985 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-199-P3-v3) |
Mir-199-P3-v1
chr20: 50410923-50410985 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-199-P3-v2 chr20: 50410923-50410985 [+] UCSC Ensembl Mir-199-P3-v3 chr20: 50410923-50410985 [+] UCSC Ensembl |
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| Variant | Cfa-Mir-199-P3-v3 |
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| Seed | AGUAGUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCCUGCAGCAUGGACAGCCGGCCCCGCCAACCCAGUGUUCAGACUACCUGUUCAGGGGGCUCUGAAUGUGUACAGUAGUCUGCACAUUGGUUAGGCUGGGCUCGGGCAAGCGGCGCAUCAGGAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GCCUGCAGCAUGGACAG- -| C AAC U C UCAGGGGGC CCG GCCC GCC CCAGUGU CAGACUAC UGU U GGC CGGG CGG GGUUACA GUCUGAUG ACA C AGGACUACGCGGCGAACG U^ U AUU C - UGUGUAAGU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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|
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| Star sequence | Cfa-Mir-199-P3-v3_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CCCAGUGUUCAGACUACCUGUU -22
Get sequence
|
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| Mature sequence | Cfa-Mir-199-P3-v3_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0006642 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
42- CAGUAGUCUGCACAUUGGUUA -63
Get sequence
|
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| Proposed targets |
TargetScanVert: cfa-miR-199 miRDB: MIMAT0006642 |
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| Variant | Cfa-Mir-199-P3-v1 |
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| Seed | CAGUAGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCCUGCAGCAUGGACAGCCGGCCCCGCCAACCCAGUGUUCAGACUACCUGUUCAGGGGGCUCUGAAUGUGUACAGUAGUCUGCACAUUGGUUAGGCUGGGCUCGGGCAAGCGGCGCAUCAGGAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GCCUGCAGCAUGGACAG- -| C AAC U C U AGGGGGC CCG GCCC GCC CCAGUGU CAGACUAC UGU C U GGC CGGG CGG GGUUACA GUCUGAUG ACA G C AGGACUACGCGGCGAACG U^ U AUU C - U UGUAAGU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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|
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| Star sequence | Cfa-Mir-199-P3-v1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CCCAGUGUUCAGACUACCUGUUC -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Cfa-Mir-199-P3-v1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0006642 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- ACAGUAGUCUGCACAUUGGUUA -63
Get sequence
|
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| Proposed targets |
TargetScanVert: cfa-miR-199 miRDB: MIMAT0006642 |
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| Variant | Cfa-Mir-199-P3-v2 |
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| Seed | ACAGUAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCCUGCAGCAUGGACAGCCGGCCCCGCCAACCCAGUGUUCAGACUACCUGUUCAGGGGGCUCUGAAUGUGUACAGUAGUCUGCACAUUGGUUAGGCUGGGCUCGGGCAAGCGGCGCAUCAGGAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GCCUGCAGCAUGGACAG- -| C AAC U C U GGGGGC CCG GCCC GCC CCAGUGU CAGACUAC UGU CA U GGC CGGG CGG GGUUACA GUCUGAUG ACA GU C AGGACUACGCGGCGAACG U^ U AUU C - U GUAAGU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cfa-Mir-199-P3-v2_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CCCAGUGUUCAGACUACCUGUUCA -24
Get sequence
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| Mature sequence | Cfa-Mir-199-P3-v2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0006642 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- UACAGUAGUCUGCACAUUGGUUA -63
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: cfa-miR-199 miRDB: MIMAT0006642 |
