| MirGeneDB ID | Asu-Mir-279-o22 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-279 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Large roundworm (Ascaris suum) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | asu-mir-44a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Asu-Mir-279-o23 Asu-Mir-279-o24 Asu-Mir-279-o25 Asu-Mir-279-o26 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Agr-Mir-279 Ava-Mir-279-P22a Ava-Mir-279-P22b Bpl-Mir-279 Eba-Mir-279 Egr-Mir-279 Esc-Mir-279 Gsa-Mir-279 Gsp-Mir-279 Hru-Mir-279 Isc-Mir-279 Lgi-Mir-279 Lhy-Mir-279 Llo-Mir-279 Mgi-Mir-279 Mom-Mir-279 Npo-Mir-279 Obi-Mir-279 Ovu-Mir-279 Pau-Mir-279 Pcr-Mir-279 Pve-Mir-279 Rph-Mir-279 Sma-Mir-279 Sne-Mir-279 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | A.suum | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (ASU_PRJNA80881_plustraces) |
Scaffold800: 97897-97956 [-] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-279-o22) |
Mir-5350-P6
Scaffold800: 97547-97610 [-]
Mir-279-o22 Scaffold800: 97897-97956 [-] Mir-2-o10 Scaffold800: 98049-98111 [-] Mir-36-o28 Scaffold800: 98613-98672 [-] Mir-2-o6 Scaffold800: 124302-124361 [+] |
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| Seed | GACUAGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UCUACGUGUCGAAGACGCCCAGACGUGAAACUGGAUGUCUCUCGCAGUCAUACGGUAUAUAGAGUUCUAUGACUAGAGACACAUUCAGCUUGGCGGCUGGACGACAACCCUCACAAGUCAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UCUACGUGUCGAAGACGC--| A G A C GC CGGUAUA CCAG CGU AA CUGGAUGU UCUC AGUCAUA \ GGUC GCG UU GACUUACA AGAG UCAGUAU U ACUGAACACUCCCAACAGCA^ G G C C A- CUUGAGA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | It is not clear either from phylogenetic or syntenic information how many Mir-279 genes were present in the last common ancestor of nematodes and how the Caenorhabditis Mir-279s relate to Ascaris Mir-279s and thus these multiple paralogues are classified here as orphans pending new data. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Asu-Mir-279-o22_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0021455 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CUGGAUGUCUCUCGCAGUCAUA -22
Get sequence
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| Mature sequence | Asu-Mir-279-o22_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0021456 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- UGACUAGAGACACAUUCAGCU -60
Get sequence
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