| MirGeneDB ID | Asu-Mir-5350-P6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-5350 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Large roundworm (Ascaris suum) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | asu-mir-5354 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Asu-Mir-5350-P1 Asu-Mir-5350-P2 Asu-Mir-5350-P3 Asu-Mir-5350-P4 Asu-Mir-5350-P5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | A.suum | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | A.suum | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (ASU_PRJNA80881_plustraces) |
Scaffold800: 97547-97610 [-] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-5350-P6) |
Mir-5350-P6
Scaffold800: 97547-97610 [-]
Mir-279-o22 Scaffold800: 97897-97956 [-] Mir-2-o10 Scaffold800: 98049-98111 [-] Mir-36-o28 Scaffold800: 98613-98672 [-] Mir-2-o6 Scaffold800: 124302-124361 [+] |
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| Seed | CGGGUAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGCAUAGGAGCUGCGUAUCGCUUCAACCGAGCGGGUAUGGUUGUGUUCCAAAGCCGGUAGUGAUAGCGACACUUUGGCACAAUCACACCUGCUCAGGCGGAAUUGCUUAGUGCAGUGUUCAUUGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UGCAUAGGAGCUGCGUAUC -- AA -| A UU CCGGUAGU GC UUC CC GAGCGGGU UGGUUGUG CCAAAG G CG AAG GG CUCGUCCA ACUAACAC GGUUUC A GUUACUUGUGACGUGAUU- UU GC A^ C -- ACAGCGAU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Asu-Mir-5350-P6_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0021568 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GCGGGUAUGGUUGUGUUCCAAAGC -24
Get sequence
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| Co-mature sequence | Asu-Mir-5350-P6_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0021569 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
42- UUUGGCACAAUCACACCUGCUC -64
Get sequence
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