| MirGeneDB ID | Asu-Mir-5350-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-5350 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Large roundworm (Ascaris suum) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | asu-mir-5350c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Asu-Mir-5350-P1 Asu-Mir-5350-P2 Asu-Mir-5350-P4 Asu-Mir-5350-P5 Asu-Mir-5350-P6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | A.suum | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | A.suum | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (ASU_PRJNA80881_plustraces) |
Scaffold1190: 38272-38328 [-] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-5350-P3) |
Mir-5350-P3
Scaffold1190: 38272-38328 [-]
Mir-5350-P2 Scaffold1190: 38567-38623 [-] |
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| Seed | UUGGCAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUUGCCCAUCAGUGAUAACGCUGGAGGUGGCGUUUCUGAGGUCCGCCAAAUUGCUUUACGACAAACUUGGCACACCUGAGAAACGCCUGCUCCAGUUGCCUAUAUGCUAAAUGUUCAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UUUGCCCAUCAGUGAUAAC--| GU G CC A GCUUU GCUGGAG GGCGUUUCU AGGU GCCAA UU \ UGACCUC CCGCAAAGA UCCA CGGUU AA A ACUUGUAAAUCGUAUAUCCGU^ GU G CA C ACAGC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Asu-Mir-5350-P3_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | MIMAT0021556 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CGUUUCUGAGGUCCGCCAAAUU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Asu-Mir-5350-P3_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0021557 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- CUUGGCACACCUGAGAAACGCC -57
Get sequence
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