| MirGeneDB ID | Ami-Mir-202 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-202 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | American alligator (Alligator mississippiensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | ami-mir-202 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-202 Bta-Mir-202 Cfa-Mir-202 Cja-Mir-202 Cli-Mir-202 Cmi-Mir-202 Cpi-Mir-202 Cpo-Mir-202 Dno-Mir-202 Dre-Mir-202 Ebu-Mir-202 Eca-Mir-202 Ete-Mir-202 Gga-Mir-202 Gja-Mir-202 Gmo-Mir-202 Hsa-Mir-202 Laf-Mir-202 Lch-Mir-202 Loc-Mir-202 Mal-Mir-202 Mml-Mir-202 Mmr-Mir-202 Mmu-Mir-202 Mun-Mir-202 Neu-Mir-202 Oan-Mir-202 Ocu-Mir-202 Pab-Mir-202 Pbv-Mir-202 Pma-Mir-202-P5 Pma-Mir-202-P6 Rno-Mir-202 Sha-Mir-202 Spt-Mir-202 Sto-Mir-202 Tgu-Mir-202 Tni-Mir-202 Xla-Mir-202-P3 Xla-Mir-202-P4 Xtr-Mir-202-P1 Xtr-Mir-202-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_000281125.3_ASM28112v4_AMI_add) |
NW_017708881.1: 1910438-1910495 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UCCUAUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AUUUCCAUUACUUUUGCUCGUUGUUCCUUUUUCCUAUGCAUAUACUUCUUUGAGAAUUGGAUCUAAAGAGGCAUAGGGCAUGGGAAAAUGGGGCGACUGAGGUACUCCACCAGUCACCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AUUUCCAUUACUUUUGCUC-- U A-| A GAGAAU GUUGUUCC UUUUCCUAUGC UAU CUUCUUU \ CAGCGGGG AAAAGGGUACG AUA GGAGAAA U CCACUGACCACCUCAUGGAGU U GG^ C UCUAGG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Ami-Mir-202_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0038222 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUCCUAUGCAUAUACUUCUUU -21
Get sequence
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| Star sequence | Ami-Mir-202_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- AGAGGCAUAGGGCAUGGGAAAA -58
Get sequence
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