| MirGeneDB ID | Ami-Mir-137-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-137 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | American alligator (Alligator mississippiensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | ami-mir-137b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Ami-Mir-137-P1-v1 Ami-Mir-137-P3-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-137-P3-v1 Aga-Mir-137 Agr-Mir-137 Asu-Mir-137 Ava-Mir-137 Bfl-Mir-137 Bko-Mir-137 Bpl-Mir-137 Cbr-Mir-137 Cel-Mir-137 Cli-Mir-137-P3 Cpi-Mir-137-P3-v1 Cte-Mir-137 Dan-Mir-137 Dgr-Mir-137 Dma-Mir-137 Dme-Mir-137 Dmo-Mir-137 Dpu-Mir-137 Dsi-Mir-137 Dya-Mir-137 Eba-Mir-137 Ebu-Mir-137 Esc-Mir-137 Gga-Mir-137-P3-v1 Gja-Mir-137-P3 Gmo-Mir-137-P3a-v1 Gmo-Mir-137-P3b-v1 Gpa-Mir-137 Hme-Mir-137 Hru-Mir-137 Isc-Mir-137 Lan-Mir-137 Lch-Mir-137-P3 Lgi-Mir-137 Lhy-Mir-137 Llo-Mir-137 Loc-Mir-137-P3-v1 Mal-Mir-137-P3a-v1 Mal-Mir-137-P3b-v1 Mdo-Mir-137-P3-v1 Mgi-Mir-137 Mom-Mir-137 Mun-Mir-137-P3 Neu-Mir-137-P3 Oan-Mir-137-P3-v1 Obi-Mir-137 Ofu-Mir-137 Pau-Mir-137 Pbv-Mir-137-P3-v1 Pca-Mir-137 Pdu-Mir-137 Pma-Mir-137-o3 Pve-Mir-137 Rph-Mir-137 Sha-Mir-137-P3 Sko-Mir-137 Snu-Mir-137 Spu-Mir-137 Tni-Mir-137-P3b Tur-Mir-137 War-Mir-137 Xbo-Mir-137 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_000281125.3_ASM28112v4_AMI_add) |
NW_017708461.1: 34908-34968 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-137-P3-v2) |
Mir-137-P3-v2
NW_017708461.1: 34908-34968 [-]
UCSC
Mir-137-P3-v1 NW_017708461.1: 34909-34967 [-] UCSC |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Ami-Mir-137-P3-v2 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AUUGCUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGAGGCUCGCGGAGCCCAGCUCCCUUCGAUGACGGGUAUUCUUGGGUAGAUAAUACGGCUGGCGUUGUUAUUGCUUGAGAAUACGCGUAGUCGAGGGGAGAGACACUCGCCUCCCACCCGCGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 GGAGGCUCGCGGAGCCCAG--| G G UG A ACGGC CUCCCUUCGAU ACG GUAUUCU GGUAG UAAU U GAGGGGAGCUG UGC CAUAAGA UCGUU AUUG G CGCCCACCCUCCGCUCACAGA^ A G GU - UUGCG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Ami-Mir-137-P3-v2_5p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GACGGGUAUUCUUGGGUAGAUAAU -24
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Ami-Mir-137-P3-v2_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0038154 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UAUUGCUUGAGAAUACGCGUAGU -61
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Ami-Mir-137-P3-v1 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UAUUGCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAGGCUCGCGGAGCCCAGCUCCCUUCGAUGACGGGUAUUCUUGGGUAGAUAAUACGGCUGGCGUUGUUAUUGCUUGAGAAUACGCGUAGUCGAGGGGAGAGACACUCGCCUCCCACCCGGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 GAGGCUCGCGGAGCCCAG--| G G UG A CGGC CUCCCUUCGAU ACG GUAUUCU GGUAG UAAUA U GAGGGGAGCUG UGC CAUAAGA UCGUU AUUGU G GCCCACCCUCCGCUCACAGA^ A G GU - UGCG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Ami-Mir-137-P3-v1_5p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACGGGUAUUCUUGGGUAGAUAAUA -24
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Ami-Mir-137-P3-v1_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0038154 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- UUAUUGCUUGAGAAUACGCGUAG -59
Get sequence
|
