| MirGeneDB ID | Ami-Mir-137-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-137 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | American alligator (Alligator mississippiensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | ami-mir-137a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Ami-Mir-137-P3-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-137-P1-v1 Aga-Mir-137 Agr-Mir-137 Asu-Mir-137 Ava-Mir-137 Bfl-Mir-137 Bko-Mir-137 Bpl-Mir-137 Bta-Mir-137-P1-v1 Cbr-Mir-137 Cel-Mir-137 Cfa-Mir-137-P1-v1 Cja-Mir-137-P1-v1 Cli-Mir-137-P1-v1 Cmi-Mir-137-P1 Cpi-Mir-137-P1-v1 Cte-Mir-137 Dan-Mir-137 Dgr-Mir-137 Dma-Mir-137 Dme-Mir-137 Dmo-Mir-137 Dno-Mir-137-P1-v1 Dpu-Mir-137 Dre-Mir-137-P1a-v1 Dre-Mir-137-P1b-v1 Dsi-Mir-137 Dya-Mir-137 Eba-Mir-137 Ebu-Mir-137 Eca-Mir-137-P1 Esc-Mir-137 Ete-Mir-137-P1-v1 Gga-Mir-137-P1-v1 Gja-Mir-137-P1-v1 Gmo-Mir-137-P1b-v1 Gpa-Mir-137 Hme-Mir-137 Hru-Mir-137 Hsa-Mir-137-P1-v1 Isc-Mir-137 Laf-Mir-137-P1 Lan-Mir-137 Lch-Mir-137-P1 Lgi-Mir-137 Lhy-Mir-137 Llo-Mir-137 Loc-Mir-137-P1-v1 Mal-Mir-137-P1b-v1 Mdo-Mir-137-P1-v1 Mgi-Mir-137 Mml-Mir-137-P1-v1 Mmr-Mir-137-P1 Mmu-Mir-137-P1-v1 Mom-Mir-137 Mun-Mir-137-P1 Neu-Mir-137-P1 Oan-Mir-137-P1-v1 Obi-Mir-137 Ocu-Mir-137-P1-v1 Ofu-Mir-137 Pab-Mir-137-P1-v1 Pau-Mir-137 Pbv-Mir-137-P1-v1 Pca-Mir-137 Pdu-Mir-137 Pma-Mir-137-o1 Pve-Mir-137 Rno-Mir-137-P1-v1 Rph-Mir-137 Sha-Mir-137-P1-v1 Sko-Mir-137 Snu-Mir-137 Spt-Mir-137-P1 Spu-Mir-137 Sto-Mir-137-P1 Tgu-Mir-137-P1-v1 Tur-Mir-137 War-Mir-137 Xbo-Mir-137 Xla-Mir-137-P1 Xtr-Mir-137-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_000281125.3_ASM28112v4_AMI_add) |
NW_017713998.1: 1882849-1882907 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-137-P1-v1) |
Mir-137-P1-v2
NW_017713998.1: 1882848-1882908 [+]
UCSC
Mir-137-P1-v1 NW_017713998.1: 1882849-1882907 [+] UCSC |
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| Variant | Ami-Mir-137-P1-v1 |
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| Seed | UAUUGCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCAGCAGCAGCUUUCUGACUCUCUUCGGUGACGGGUAUUCUUGGGUGGAUAAUACGGAUUACGUUGUUAUUGCUUAAGAAUACGCGUAGUCGAGGAGAGUACCGCGGCGGGCAGGCAGCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GCAGCAGCAGCUUUCUG--| UG G UG A CGGA ACUCUCUUCGG ACG GUAUUCUUGGG G UAAUA U UGAGAGGAGCU UGC CAUAAGAAUUC U AUUGU U CGACGGACGGGCGGCGCCA^ GA G GU - UGCA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Ami-Mir-137-P1-v1_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACGGGUAUUCUUGGGUGGAUAAUA -24
Get sequence
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| Mature sequence | Ami-Mir-137-P1-v1_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0038153 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- UUAUUGCUUAAGAAUACGCGUAG -59
Get sequence
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| Variant | Ami-Mir-137-P1-v2 |
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| Seed | AUUGCUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGCAGCAGCAGCUUUCUGACUCUCUUCGGUGACGGGUAUUCUUGGGUGGAUAAUACGGAUUACGUUGUUAUUGCUUAAGAAUACGCGUAGUCGAGGAGAGUACCGCGGCGGGCAGGCAGCGGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 AGCAGCAGCAGCUUUCUG--| UG G UG A ACGGA ACUCUCUUCGG ACG GUAUUCUUGGG G UAAU U UGAGAGGAGCU UGC CAUAAGAAUUC U AUUG U GCGACGGACGGGCGGCGCCA^ GA G GU - UUGCA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Ami-Mir-137-P1-v2_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GACGGGUAUUCUUGGGUGGAUAAU -24
Get sequence
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| Mature sequence | Ami-Mir-137-P1-v2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0038153 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UAUUGCUUAAGAAUACGCGUAGU -61
Get sequence
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