MirGeneDB ID | Ami-Let-7-P2b1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | LET-7 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GAGGUAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | American alligator (Alligator mississippiensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | ami-let-7f-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Ami-Let-7-P1b Ami-Let-7-P1c Ami-Let-7-P1d Ami-Let-7-P2a1 Ami-Let-7-P2a2 Ami-Let-7-P2a3 Ami-Let-7-P2a4 Ami-Let-7-P2b2 Ami-Let-7-P2b3 Ami-Let-7-P2b4 Ami-Let-7-P2c1 Ami-Let-7-P2c2 Ami-Let-7-P2c3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Let-7 Aca-Let-7-P2b1 Bge-Let-7 Bpl-Let-7 Bta-Let-7-P2b1 Cfa-Let-7-P2b1 Cgi-Let-7 Cli-Let-7-P2b1 Cpi-Let-7-P2b1 Cpo-Let-7-P2b1 Cte-Let-7 Dan-Let-7 Dma-Let-7 Dme-Let-7 Dmo-Let-7 Dno-Let-7-P2b1 Dpu-Let-7 Dre-Let-7-P2b1a Dsi-Let-7 Dya-Let-7 Esc-Let-7 Ete-Let-7-P2b1 Gga-Let-7-P2b1 Gja-Let-7-P2b1 Gmo-Let-7-P2b1a Hme-Let-7 Hsa-Let-7-P2b1 Isc-Let-7 Lan-Let-7 Lch-Let-7-P2b1 Lgi-Let-7 Loc-Let-7-P2b1 Mal-Let-7-P2b1a Mdo-Let-7-P2b1 Mml-Let-7-P2b1 Mmu-Let-7-P2b1 Mun-Let-7-P2b1 Npo-Let-7 Oan-Let-7-P2b1 Obi-Let-7 Ocu-Let-7-P2b1 Ovu-Let-7 Pbv-Let-7-P2b1 Pfl-Let-7 Pmi-Let-7 Rno-Let-7-P2b1 Sha-Let-7-P2b1 Sko-Let-7 Spt-Let-7-P2b1 Spu-Let-7 Tca-Let-7 Tgu-Let-7-P2b1 Xbo-Let-7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_000281125.3_ASM28112v4_AMI_add) |
NW_017711902.1: 7299088-7299164 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Let-7-P2b1) |
Let-7-P2a1
NW_017711902.1: 7298633-7298704 [+]
UCSC
Let-7-P2b1 NW_017711902.1: 7299088-7299164 [+] UCSC Let-7-P2c1 NW_017711902.1: 7300957-7301031 [+] UCSC |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GGAAGGACAGUACAGAUUUCUCUAUCAGAGUGAGGUAGUAGAUUGUAUAGUUGUGGGGUAGUUAUUUUACCCUGUUCAGGAGAUAACUAUACAAUCUAUUGCCUUCCCUGAGGAGUAAAACAAGUCUGCAGCUCUUAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 GGAAGGACAGUACAGAUUU---| A AGU GUGGGGUAGUUAUUU CUCU UCAG GAGGUAGUAGAUUGUAUAGUU U GAGG AGUC UUCCGUUAUCUAACAUAUCAA A AUUCUCGACGUCUGAACAAAAU^ - CC- UAGAGGACUUGUCCC 130 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Ami-Let-7-P2b1_5p |
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mirBase accession | MIMAT0038012 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGAGGUAGUAGAUUGUAUAGUU -22
Get sequence
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Star sequence | Ami-Let-7-P2b1_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0038013 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
56- CUAUACAAUCUAUUGCCUUCC -77
Get sequence
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