| MirGeneDB ID | Xtr-Mir-383 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-383 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Tropical clawed frog (Xenopus tropicalis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | xtr-mir-383 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-383-v1 Ami-Mir-383-v1 Bta-Mir-383-v1 Cfa-Mir-383-v1 Cja-Mir-383-v1 Cli-Mir-383-v1 Cpi-Mir-383-v1 Cpo-Mir-383-v1 Dno-Mir-383-v1 Eca-Mir-383-v1 Ete-Mir-383-v1 Gga-Mir-383-v1 Gja-Mir-383-v1 Hsa-Mir-383-v1 Laf-Mir-383-v1 Mdo-Mir-383-v1 Mml-Mir-383-v1 Mmr-Mir-383-v1 Mmu-Mir-383-v1 Mun-Mir-383 Oan-Mir-383-v1 Ocu-Mir-383-v1 Pab-Mir-383-v1 Pbv-Mir-383-v1 Rno-Mir-383-v1 Sha-Mir-383-v1 Spt-Mir-383 Tgu-Mir-383-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Tetrapoda | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Tetrapoda | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (xenTro9_add) |
chr1: 32341380-32341441 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-383-v1) |
Mir-383-v1
chr1: 32341380-32341441 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-383-v2 chr1: 32341380-32341442 [-] UCSC Ensembl |
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| Variant | Xtr-Mir-383-v1 |
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| Seed | GAUCAGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAUACGGGAUACCUCAGUCACCUGCUCCUCAGAUCAGAAGGUGAUUGUGGCUUUUAGUAGAUAUUAAGCAGCCACAGCACUGCCUGGUCAGAAAGAGCAAGUGUACUUGCCUUUUGCUCCGAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CAUACGGGAUACCUCAGU- C C-| A AA A UUUAGUAG CAC UGCUC UC GAUCAG GGUG UUGUGGCU \ GUG ACGAG AG CUGGUC UCAC GACACCGA A AGCCUCGUUUUCCGUUCAU A AA^ A CG - CGAAUUAU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Xtr-Mir-383-v1_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0003639 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGAUCAGAAGGUGAUUGUGGCU -22
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: xtr-miR-383 |
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| Star sequence | Xtr-Mir-383-v1_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- CCACAGCACUGCCUGGUCAGA -62
Get sequence
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| Variant | Xtr-Mir-383-v2 |
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| Seed | AGAUCAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UCAUACGGGAUACCUCAGUCACCUGCUCCUCAGAUCAGAAGGUGAUUGUGGCUUUUAGUAGAUAUUAAGCAGCCACAGCACUGCCUGGUCAGAAAGAGCAAGUGUACUUGCCUUUUGCUCCGAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UCAUACGGGAUACCUCAGU C C-| A AA A UUUAGUAG CAC UGCUC UC GAUCAG GGUG UUGUGGCU \ GUG ACGAG AG CUGGUC UCAC GACACCGA A AGCCUCGUUUUCCGUUCAU A AA^ A CG - CGAAUUAU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Xtr-Mir-383-v2_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0003639 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAGAUCAGAAGGUGAUUGUGGCU -23
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: xtr-miR-383 |
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| Star sequence | Xtr-Mir-383-v2_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
42- CCACAGCACUGCCUGGUCAGA -63
Get sequence
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