| MirGeneDB ID | Cja-Mir-383 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-383 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | White-tufted-ear marmoset (Callithrix jacchus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-383-v1 Ami-Mir-383-v1 Bta-Mir-383-v1 Cfa-Mir-383-v1 Cli-Mir-383-v1 Cpi-Mir-383-v1 Cpo-Mir-383-v1 Dno-Mir-383-v1 Eca-Mir-383-v1 Ete-Mir-383-v1 Gga-Mir-383-v1 Gja-Mir-383-v1 Hsa-Mir-383-v1 Laf-Mir-383-v1 Mdo-Mir-383-v1 Mml-Mir-383-v1 Mmr-Mir-383-v1 Mmu-Mir-383-v1 Mun-Mir-383 Oan-Mir-383-v1 Ocu-Mir-383-v1 Pab-Mir-383-v1 Pbv-Mir-383-v1 Rno-Mir-383-v1 Sha-Mir-383-v1 Spt-Mir-383 Tgu-Mir-383-v1 Xtr-Mir-383-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Tetrapoda | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Tetrapoda | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_011100555.2_mCalJa1.2.pat.X_genomic) |
CM021927.1: 23672869-23672930 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-383-v1) |
Mir-383-v2
CM021927.1: 23672868-23672931 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-383-v1 CM021927.1: 23672869-23672930 [+] UCSC Ensembl |
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| Variant | Cja-Mir-383-v1 |
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| Seed | GAUCAGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
ACUUCAGAAUCUCCACGUCACCUGCUCCUCAGAUCAGAAGGUGAUUGUGGCUUUGGGUGGAUAUUAAUCAGCCACAGCACUGCCUGGUCAGAAAGAGCAAGUGUCCUAGCCUUUUACCUCAUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 ACUUCAGAAUCUCCACGU- C C-| A AA A UUGGGUGG CAC UGCUC UC GAUCAG GGUG UUGUGGCU \ GUG ACGAG AG CUGGUC UCAC GACACCGA A UACUCCAUUUUCCGAUCCU A AA^ A CG - CUAAUUAU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cja-Mir-383-v1_5p (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGAUCAGAAGGUGAUUGUGGCU -22
Get sequence
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| Star sequence | Cja-Mir-383-v1_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- CCACAGCACUGCCUGGUCAGA -62
Get sequence
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| Variant | Cja-Mir-383-v2 |
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| Seed | AGAUCAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GACUUCAGAAUCUCCACGUCACCUGCUCCUCAGAUCAGAAGGUGAUUGUGGCUUUGGGUGGAUAUUAAUCAGCCACAGCACUGCCUGGUCAGAAAGAGCAAGUGUCCUAGCCUUUUACCUCAUGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GACUUCAGAAUCUCCACGU- C C-| A AA A UUGGGUGG CAC UGCUC UC GAUCAG GGUG UUGUGGCU \ GUG ACGAG AG CUGGUC UCAC GACACCGA A GUACUCCAUUUUCCGAUCCU A AA^ A CG - CUAAUUAU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cja-Mir-383-v2_5p (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAGAUCAGAAGGUGAUUGUGGCU -23
Get sequence
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| Star sequence | Cja-Mir-383-v2_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
42- CCACAGCACUGCCUGGUCAGAA -64
Get sequence
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