| MirGeneDB ID | Mdo-Mir-383 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-383 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Gray short-tailed opossum (Monodelphis domestica) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | mdo-mir-383 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-383-v1 Ami-Mir-383-v1 Bta-Mir-383-v1 Cfa-Mir-383-v1 Cja-Mir-383-v1 Cli-Mir-383-v1 Cpi-Mir-383-v1 Cpo-Mir-383-v1 Dno-Mir-383-v1 Eca-Mir-383-v1 Ete-Mir-383-v1 Gga-Mir-383-v1 Gja-Mir-383-v1 Hsa-Mir-383-v1 Laf-Mir-383-v1 Mml-Mir-383-v1 Mmr-Mir-383-v1 Mmu-Mir-383-v1 Mun-Mir-383 Oan-Mir-383-v1 Ocu-Mir-383-v1 Pab-Mir-383-v1 Pbv-Mir-383-v1 Rno-Mir-383-v1 Sha-Mir-383-v1 Spt-Mir-383 Tgu-Mir-383-v1 Xtr-Mir-383-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Tetrapoda | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Tetrapoda | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (monDom5_add) |
5: 17427577-17427638 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-383-v1) |
Mir-383-v2
5: 17427576-17427638 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-383-v1 5: 17427577-17427638 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Mdo-Mir-383-v1 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GAUCAGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
ACAACAGAAGCUUUAAGUCACCUGCUCCUCAGAUCAGAAGGUGAUUGUGGCUUUCGGUAGACAUGGAACAGCCACAUCACUGGCUGGUCAGAAAGAGCAAGUGUCCUAGCCUUUGGCCUCGUGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 ACAACAGAAGCUUUAAGU- C C-| A AA U UUCGGUAG CAC UGCUC UC GAUCAG GGUGAU GUGGCU \ GUG ACGAG AG CUGGUC UCACUA CACCGA A UGCUCCGGUUUCCGAUCCU A AA^ A GG - CAAGGUAC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Mdo-Mir-383-v1_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0004139 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGAUCAGAAGGUGAUUGUGGCU -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Proposed targets |
TargetScanVert: mdo-miR-383-5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Mdo-Mir-383-v1_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0026684 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- CCACAUCACUGGCUGGUCAGA -62
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Proposed targets |
TargetScanVert: mdo-miR-383-3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Mdo-Mir-383-v2 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AGAUCAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UACAACAGAAGCUUUAAGUCACCUGCUCCUCAGAUCAGAAGGUGAUUGUGGCUUUCGGUAGACAUGGAACAGCCACAUCACUGGCUGGUCAGAAAGAGCAAGUGUCCUAGCCUUUGGCCUCGUGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 UACAACAGAAGCUUUAAGU C C-| A AA U UUCGGUAG CAC UGCUC UC GAUCAG GGUGAU GUGGCU \ GUG ACGAG AG CUGGUC UCACUA CACCGA A UGCUCCGGUUUCCGAUCCU A AA^ A GG - CAAGGUAC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Comment | There are not enough 3p reads to reliably assess whether this is a Group 2 miRNA, but this version is a Group 2 in other taxa where it can be assessed. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Mdo-Mir-383-v2_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0004139 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAGAUCAGAAGGUGAUUGUGGCU -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Proposed targets |
TargetScanVert: mdo-miR-383-5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Mdo-Mir-383-v2_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0026684 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
42- CCACAUCACUGGCUGGUCAGA -63
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Proposed targets |
TargetScanVert: mdo-miR-383-3p |
