| MirGeneDB ID | Tgu-Mir-383 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-383 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Zebra finch (Taeniopygia guttata) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | tgu-mir-383 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-383-v1 Ami-Mir-383-v1 Bta-Mir-383-v1 Cfa-Mir-383-v1 Cja-Mir-383-v1 Cli-Mir-383-v1 Cpi-Mir-383-v1 Cpo-Mir-383-v1 Dno-Mir-383-v1 Eca-Mir-383-v1 Ete-Mir-383-v1 Gga-Mir-383-v1 Gja-Mir-383-v1 Hsa-Mir-383-v1 Laf-Mir-383-v1 Mdo-Mir-383-v1 Mml-Mir-383-v1 Mmr-Mir-383-v1 Mmu-Mir-383-v1 Mun-Mir-383 Oan-Mir-383-v1 Ocu-Mir-383-v1 Pab-Mir-383-v1 Pbv-Mir-383-v1 Rno-Mir-383-v1 Sha-Mir-383-v1 Spt-Mir-383 Xtr-Mir-383-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Tetrapoda | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Tetrapoda | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (TaeGut1_add) |
4: 28763730-28763791 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-383-v1) |
Mir-383-v2
4: 28763729-28763792 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-383-v1 4: 28763730-28763791 [-] UCSC Ensembl |
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| Variant | Tgu-Mir-383-v1 |
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| Seed | GAUCAGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGAAGAGAGUUGCCAAGUCACCUGCUCCUCAGAUCAGAAGGUGAUUGUGGCUUUGAGUAAAUAUUAAGCAGCCACAGCACUGCCUGGUCAGAAAGAGCAAGUGUACUAGCCUUUUACAUCUUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GGAAGAGAGUUGCCAAGU- C C-| A AA A UUGAGUAA CAC UGCUC UC GAUCAG GGUG UUGUGGCU \ GUG ACGAG AG CUGGUC UCAC GACACCGA A UUCUACAUUUUCCGAUCAU A AA^ A CG - CGAAUUAU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Tgu-Mir-383-v1_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0014531 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGAUCAGAAGGUGAUUGUGGCU -22
Get sequence
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| Star sequence | Tgu-Mir-383-v1_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0026989 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- CCACAGCACUGCCUGGUCAGA -62
Get sequence
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| Variant | Tgu-Mir-383-v2 |
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| Seed | AGAUCAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGGAAGAGAGUUGCCAAGUCACCUGCUCCUCAGAUCAGAAGGUGAUUGUGGCUUUGAGUAAAUAUUAAGCAGCCACAGCACUGCCUGGUCAGAAAGAGCAAGUGUACUAGCCUUUUACAUCUUGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UGGAAGAGAGUUGCCAAGU- C C-| A AA A UUUGAGUAA CAC UGCUC UC GAUCAG GGUG UUGUGGC \ GUG ACGAG AG CUGGUC UCAC GACACCG A GUUCUACAUUUUCCGAUCAU A AA^ A CG - ACGAAUUAU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Tgu-Mir-383-v2_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0014531 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAGAUCAGAAGGUGAUUGUGGC -22
Get sequence
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| Star sequence | Tgu-Mir-383-v2_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0026989 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
43- CACAGCACUGCCUGGUCAGAA -64
Get sequence
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