| MirGeneDB ID | Xla-Mir-221-P2a3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-221 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | African clawed frog (Xenopus laevis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Xla-Mir-221-P1a3 Xla-Mir-221-P1a4 Xla-Mir-221-P2a4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-221-P2a Ami-Mir-221-P2a Bta-Mir-221-P2a Cfa-Mir-221-P2a Cja-Mir-221-P2a Cli-Mir-221-P2a Cmi-Mir-221-P2a Cpi-Mir-221-P2a Cpo-Mir-221-P2a Dno-Mir-221-P2a Eca-Mir-221-P2a Ete-Mir-221-P2a Gga-Mir-221-P2a Gja-Mir-221-P2a Hsa-Mir-221-P2a Laf-Mir-221-P2a Lch-Mir-221-P2a Loc-Mir-221-P2a Mdo-Mir-221-P2a Mml-Mir-221-P2a Mmr-Mir-221-P2a Mmu-Mir-221-P2a Mun-Mir-221-P2a Neu-Mir-221-P2a Oan-Mir-221-P2a Ocu-Mir-221-P2a Pab-Mir-221-P2a Pbv-Mir-221-P2a Rno-Mir-221-P2a Sha-Mir-221-P2a Spt-Mir-221-P2a Sto-Mir-221-P2a Tgu-Mir-221-P2a Xtr-Mir-221-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | X. laevis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_001663975.1_XLA_v2) |
NC_030726.1: 77927829-77927891 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-221-P2a3) |
Mir-221-P2a3
NC_030726.1: 77927829-77927891 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-221-P1a3 NC_030726.1: 77928376-77928437 [-] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GCUACAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AAAAAGAGGACAACAGUGAAUUUGGCAUGCACCUGGCAUACAAUGUAGAAAACUGUGUUUGCAAAGCAACAGCUACAUUGUCUGCUGGGUUUCAUGCUGAAUUGAAUUAUUCGUCCAUACAAAGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 AAAAAGAGGACAACAGUG-- UG C-| UG U AAAA GUUUG AAUU GCAUG ACC GCA ACAAUGUAG CUGU C UUAA CGUAC UGG CGU UGUUACAUC GACA A AAACAUACCUGCUUAUUAAG GU UU^ GU C ---- ACGAA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Xla-Mir-221-P2a3_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACCUGGCAUACAAUGUAGAAAACUGU -26
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Xla-Mir-221-P2a3_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- AGCUACAUUGUCUGCUGGGUUUC -63
Get sequence
|
