| MirGeneDB ID | Xtr-Mir-221-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-221 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Tropical clawed frog (Xenopus tropicalis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | xtr-mir-221 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Xtr-Mir-221-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-221-P2a Ami-Mir-221-P2a Bta-Mir-221-P2a Cfa-Mir-221-P2a Cja-Mir-221-P2a Cli-Mir-221-P2a Cmi-Mir-221-P2a Cpi-Mir-221-P2a Cpo-Mir-221-P2a Dno-Mir-221-P2a Dre-Mir-221-P2a1 Dre-Mir-221-P2a2 Eca-Mir-221-P2a Ete-Mir-221-P2a Gga-Mir-221-P2a Gja-Mir-221-P2a Gmo-Mir-221-P2a1 Gmo-Mir-221-P2a2 Hsa-Mir-221-P2a Laf-Mir-221-P2a Lch-Mir-221-P2a Loc-Mir-221-P2a Mal-Mir-221-P2a1 Mal-Mir-221-P2a2 Mdo-Mir-221-P2a Mml-Mir-221-P2a Mmr-Mir-221-P2a Mmu-Mir-221-P2a Mun-Mir-221-P2a Neu-Mir-221-P2a Oan-Mir-221-P2a Ocu-Mir-221-P2a Pab-Mir-221-P2a Pbv-Mir-221-P2a Rno-Mir-221-P2a Sha-Mir-221-P2a Spt-Mir-221-P2a Sto-Mir-221-P2a Tgu-Mir-221-P2a Tni-Mir-221-P2a1 Xla-Mir-221-P2a3 Xla-Mir-221-P2a4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (xenTro9_add) |
chr2: 68930823-68930885 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-221-P2a) |
Mir-221-P1a
chr2: 68930297-68930358 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-221-P2a chr2: 68930823-68930885 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GCUACAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AAAAAGAGGACUACCCAGACUUUGGCGUGCACCUGGCAUACAAUGUAGAAAACUGUGUUUGCAAAGCAACAGCUACAUUGUCUGCUGGGUUUCAUGCUGAAUGGAGAUACUCGUCCAUACAUAGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 AAAAAGAGGACUACCCAGAC-- UG C-| UG U AAAA GUUUG UU GCGUG ACC GCA ACAAUGUAG CUGU C AA CGUAC UGG CGU UGUUACAUC GACA A AUACAUACCUGCUCAUAGAGGU GU UU^ GU C ---- ACGAA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Xtr-Mir-221-P2a_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACCUGGCAUACAAUGUAGAAAACUGU -26
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Xtr-Mir-221-P2a_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0003700 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- AGCUACAUUGUCUGCUGGGUUUC -63
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Proposed targets |
TargetScanVert: xtr-miR-221 |
