| MirGeneDB ID | Tgu-Mir-221-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-221 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Zebra finch (Taeniopygia guttata) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | tgu-mir-221 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Tgu-Mir-221-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-221-P2a Ami-Mir-221-P2a Bta-Mir-221-P2a Cfa-Mir-221-P2a Cja-Mir-221-P2a Cli-Mir-221-P2a Cmi-Mir-221-P2a Cpi-Mir-221-P2a Cpo-Mir-221-P2a Dno-Mir-221-P2a Dre-Mir-221-P2a1 Dre-Mir-221-P2a2 Eca-Mir-221-P2a Ete-Mir-221-P2a Gga-Mir-221-P2a Gja-Mir-221-P2a Gmo-Mir-221-P2a1 Gmo-Mir-221-P2a2 Hsa-Mir-221-P2a Laf-Mir-221-P2a Lch-Mir-221-P2a Loc-Mir-221-P2a Mal-Mir-221-P2a1 Mal-Mir-221-P2a2 Mdo-Mir-221-P2a Mml-Mir-221-P2a Mmr-Mir-221-P2a Mmu-Mir-221-P2a Mun-Mir-221-P2a Neu-Mir-221-P2a Oan-Mir-221-P2a Ocu-Mir-221-P2a Pab-Mir-221-P2a Pbv-Mir-221-P2a Rno-Mir-221-P2a Sha-Mir-221-P2a Spt-Mir-221-P2a Sto-Mir-221-P2a Tni-Mir-221-P2a1 Xla-Mir-221-P2a3 Xla-Mir-221-P2a4 Xtr-Mir-221-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (TaeGut1_add) |
1: 107893928-107893990 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-221-P2a) |
Mir-221-P2a
1: 107893928-107893990 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-221-P1a 1: 107894443-107894505 [-] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GCUACAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GUGUGAAGACUGUCCAGGUUUGGGGCAUGAACCUGGCAUACAAUGUAGAUUUCUGUGUUUGUUAAGCAACAGCUACAUUGUCUGCUGGGUUUCCAGCUGCCUGGAAAUACAAAGUGGAGGGUUGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 GUGUGAAGACUGUCCAGGU G U----| UG U AUUUCUGUGUU UU GGGCA GAACC GCA ACAAUGUAG U AG UCCGU UUUGG CGU UGUUACAUC G UUGGGAGGUGAAACAUAA- G CGACC^ GU C GACAACGAAUU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Tgu-Mir-221-P2a_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0026976 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACCUGGCAUACAAUGUAGAUUUCU -24
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Tgu-Mir-221-P2a_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0014512 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- AGCUACAUUGUCUGCUGGGUUUC -63
Get sequence
|
