| MirGeneDB ID | Tur-Mir-305 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-305 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Two-spotted spider mite (Tetranychus urticae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | tur-mir-305 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-305 Aga-Mir-305 Asu-Mir-305 Bge-Mir-305 Cbr-Mir-305-P1 Cbr-Mir-305-P2 Cbr-Mir-305-P3 Cel-Mir-305-P1 Cel-Mir-305-P2 Csc-Mir-305 Dan-Mir-305 Dlo-Mir-305 Dma-Mir-305 Dme-Mir-305 Dmo-Mir-305 Dpu-Mir-305 Dsi-Mir-305 Dya-Mir-305 Gpa-Mir-305 Hme-Mir-305 Isc-Mir-305 Lpo-Mir-305-P4 Lpo-Mir-305-P5 Lpo-Mir-305-P6 Lpo-Mir-305-P7 Lpo-Mir-305-P8 Tca-Mir-305 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Cryptovermes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Cryptovermes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_000239435.1_ASM23943v1_genomic_TUR_traces) |
HE587305.1: 3433624-3433695 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-305) |
Mir-305
HE587305.1: 3433624-3433695 [+]
Ensembl
Mir-219 HE587305.1: 3464891-3464953 [-] Ensembl |
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| Seed | UUGUACU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUUCUUUUGAAGACCAAUGGAAGCUUGUUAUUUGUACUUCAUCAGGUGCUCUGUGUUAUUUUUUAUGUUAUGAUGUUUCAGACAUCUGAAGAAGUACAUUUAUCAAGGCUUAACCGGAGUACAUCGACCAUAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UUUCUUUUGAAGACCAAUGG- GU-| UU A C UGUUAUUUUUUA AAGCUU UA UGUACUUC UCAGGUG UCUG \ UUCGGA AU ACAUGAAG AGUCUAC AGAC U AUACCAGCUACAUGAGGCCAA ACU^ UU A - UUUGUAGUAUUG 130 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Tur-Mir-305_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0023114 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUUGUACUUCAUCAGGUGCUCUG -23
Get sequence
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| Star sequence | Tur-Mir-305_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0023115 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
50- GACAUCUGAAGAAGUACAUUUA -72
Get sequence
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