MirGeneDB ID | Bge-Mir-305 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-305 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Cockroach (Blattella germanica) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-305 Aga-Mir-305 Asu-Mir-305 Cbr-Mir-305-P1 Cbr-Mir-305-P2 Cbr-Mir-305-P3 Cel-Mir-305-P1 Cel-Mir-305-P2 Csc-Mir-305 Dan-Mir-305 Dlo-Mir-305 Dma-Mir-305 Dme-Mir-305 Dmo-Mir-305 Dpu-Mir-305 Dsi-Mir-305 Dya-Mir-305 Gpa-Mir-305 Hme-Mir-305 Isc-Mir-305 Lpo-Mir-305-P4 Lpo-Mir-305-P5 Lpo-Mir-305-P6 Lpo-Mir-305-P7 Lpo-Mir-305-P8 Tca-Mir-305 Tur-Mir-305 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Cryptovermes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Cryptovermes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Bger_2.0) |
KZ616644.1: 183539-183599 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-305) |
Mir-275
KZ616644.1: 183402-183466 [+]
Ensembl
Mir-305 KZ616644.1: 183539-183599 [+] Ensembl |
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Seed | UUGUACU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UCAGUUGCUACAGUAAAGCGUCCCGUGUUCAUUGUACUUCAUCAGGUGCUCUGGUAGGUUCAGUAUCCCGGCAUCUGUUGGAGUGCAACUGAUAGGAUGGCGCACCUACAUCGAGACACACGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 60 UCAGUUGCUACAGUAAA- --| GUGU - U CU UAGGU GCGUC CC UCA UUGUACUUCA CAGGUGCU GG U CGCGG GG AGU AACGUGAGGU GUCUACGG CC C CACACAGAGCUACAUCCA UA^ AU-- C U C- UAUGA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Bge-Mir-305_5p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AUUGUACUUCAUCAGGUGCUCUGG -24
Get sequence
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Star sequence | Bge-Mir-305_3p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- CGGCAUCUGUUGGAGUGCAACUG -61
Get sequence
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