| MirGeneDB ID | Cel-Mir-305-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-305 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Roundworm (Caenorhabditis elegans) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cel-mir-239a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cel-Mir-305-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-305 Aga-Mir-305 Asu-Mir-305 Bge-Mir-305 Cbr-Mir-305-P1 Csc-Mir-305 Dan-Mir-305 Dlo-Mir-305 Dma-Mir-305 Dme-Mir-305 Dmo-Mir-305 Dpu-Mir-305 Dsi-Mir-305 Dya-Mir-305 Gpa-Mir-305 Hme-Mir-305 Isc-Mir-305 Tca-Mir-305 Tur-Mir-305 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Caenorhabditis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Cryptovermes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (ce11) |
chrX: 11792460-11792524 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-305-P1) |
Mir-305-P2
chrX: 11791321-11791384 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-305-P1 chrX: 11792460-11792524 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UUGUACU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UCAGUCAAAUAACUCUACACGUUUGCAAUUUUUGUACUACACAUAGGUACUGGACAAUUUUCAAAAUAUAUCCAGUGUCUAGUCUAGUGCAAACAUUGCUCGGUGUUGUUUGAAAAAUAAGCUACGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 UCAGUCAAAUAACUCUA---| GUUU U C A GU ACAAUUUU CAC GCAAU UUUGUACUA AC UAG ACUGG C GUG CGUUA AAACGUGAU UG AUC UGACC A CAUCGAAUAAAAAGUUUGUU^ GCU- C C - UG UAUAUAAA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Cel-Mir-305-P1_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0000294 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUUGUACUACACAUAGGUACUGG -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000294 TargetScanWorm: cel-miR-239a |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Cel-Mir-305-P1_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0020334 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
43- AGUGUCUAGUCUAGUGCAAACA -65
Get sequence
|
