| MirGeneDB ID | Tur-Mir-124-P47 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-124 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Two-spotted spider mite (Tetranychus urticae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | tur-mir-124-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Tur-Mir-124-P46 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-124 Aga-Mir-124 Agr-Mir-124 Asu-Mir-124 Bfl-Mir-124 Bge-Mir-124 Bko-Mir-124 Bla-Mir-124 Bpl-Mir-124 Cel-Mir-124 Cte-Mir-124 Dan-Mir-124 Dlo-Mir-124 Dma-Mir-124 Dme-Mir-124 Dmo-Mir-124 Dpu-Mir-124 Dsi-Mir-124 Dya-Mir-124 Eba-Mir-124 Esc-Mir-124 Gpa-Mir-124 Gsp-Mir-124 Hme-Mir-124 Hru-Mir-124 Isc-Mir-124 Lan-Mir-124 Lhy-Mir-124 Llo-Mir-124 Mgi-Mir-124 Mom-Mir-124 Npo-Mir-124 Obi-Mir-124 Ofu-Mir-124 Ovu-Mir-124 Pau-Mir-124 Pdu-Mir-124 Pfl-Mir-124 Pmi-Mir-124 Pve-Mir-124 Sko-Mir-124 Sma-Mir-124 Sne-Mir-124 Snu-Mir-124 Spu-Mir-124 Sro-Mir-124 Tca-Mir-124 War-Mir-124 Xbo-Mir-124 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | T. urticae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_000239435.1_ASM23943v1_genomic_TUR_traces) |
HE587309.1: 2159846-2159908 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-124-P47) |
Mir-124-P46
HE587309.1: 2159035-2159097 [+]
Ensembl
Mir-124-P47 HE587309.1: 2159846-2159908 [+] Ensembl |
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| Seed | AAGGCAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUUAAGACUCGACUCGACCUGGAUACUCUCCGUGUUCACUGUUUGCCUUCAUGUAGAGCUUUGAUUUAUCAUAAGGCACGCGGUGAAUGCCAAGAGUUUGUGGUACUGACCAGCUAAAGACAGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UUUAAGACUCGACUCGA---| UGGAU CC U C UAGAGCU CC ACUCU GUGUUCACUGU UGCCUU AUG U GG UGAGA CGUAAGUGGCG ACGGAA UAC U GACAGAAAUCGACCAGUCAU^ UGUU- AC C - UAUUUAG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Tur-Mir-124-P47_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0026457 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CGUGUUCACUGUUUGCCUUCAUG -23
Get sequence
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| Mature sequence | Tur-Mir-124-P47_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0023089 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- UAAGGCACGCGGUGAAUGCCAA -63
Get sequence
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