MirGeneDB ID | Tni-Mir-24-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-24 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Pufferfish (Tetraodon nigroviridis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Tni-Mir-24-P2b Tni-Mir-24-P3 Tni-Mir-24-P4a Tni-Mir-24-P4b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Dre-Mir-24-P1 Gmo-Mir-24-P1 Lch-Mir-24-P1 Loc-Mir-24-P1 Pma-Mir-24-o1 Sto-Mir-24-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Tetraodon_nigroviridis.TETRAODON8.dna.toplevel) |
15_random: 3093022-3093080 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-24-P1) |
Mir-24-P1
15_random: 3093022-3093080 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-27-P1 15_random: 3094204-3094266 [-] UCSC Ensembl Mir-23-P1 15_random: 3094562-3094622 [-] UCSC Ensembl |
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Seed | GGCUCAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGCGCUGCCGGUGUUUGGGCUCAACCUCCUGUGCCUACUGAGCUGAAAACAGUCGGAUAUCAGACACUGGCUCAGUUCAGCAGGAACCGGAGUUAGGCCUUCUAGAGACAGCACCCGGGGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 GGCGCUGCCGGUGUUUG---| UC C U G A AAA CGGAU GGC AAC UCC GU CCU CUGAGCUGA CAGU A CCG UUG AGG CA GGA GACUUGACU GUCA U GGGCCCACGACAGAGAUCUU^ GA - C A C CG- CAGAC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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Comment | There is a second Drosha cut +1 on the 5p arm. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Tni-Mir-24-P1_5p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GUGCCUACUGAGCUGAAAACAGU -23
Get sequence
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Mature sequence | Tni-Mir-24-P1_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- UGGCUCAGUUCAGCAGGAACCG -59
Get sequence
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