MirGeneDB ID | Tni-Mir-24-P4a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-24 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Pufferfish (Tetraodon nigroviridis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Tni-Mir-24-P1 Tni-Mir-24-P2b Tni-Mir-24-P3 Tni-Mir-24-P4b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Dre-Mir-24-P4a Gmo-Mir-24-P4a Lch-Mir-24-P4 Loc-Mir-24-P4 Mal-Mir-24-P4a Sto-Mir-24-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Tetraodon_nigroviridis.TETRAODON8.dna.toplevel) |
1: 16060478-16060537 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-24-P4a) |
Mir-23-P4a
1: 16058804-16058867 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-27-P4a 1: 16059190-16059253 [+] UCSC Ensembl Mir-24-P4a 1: 16060478-16060537 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GGCUCAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCAUCGCUCACGUCUGGGUUGUGCCCUCCUGUGCCUACUGAACUGGUAUCAGUGUUUUACUGGAAAACUGGCUCAGUUCAGCAGGAACAGGAGUGCAGCCUUUUCUCCGUCAGGAUCCAAGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CCAUCGCUCACGUCUGG----| UG CC G A UA GUGUUUUA GUUG C UCCUGU CCU CUGAACUGG UCA \ CGAC G AGGACA GGA GACUUGACU GGU C AACCUAGGACUGCCUCUUUUC^ GU -- A C C- CAAAAGGU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Comment | There are Drosha cuts -1 and +1 on the 5p arm. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Tni-Mir-24-P4a_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GUGCCUACUGAACUGGUAUCA -21
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Tni-Mir-24-P4a_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- UGGCUCAGUUCAGCAGGAACAG -60
Get sequence
|