MirGeneDB ID | Tni-Mir-23-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-23 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Pufferfish (Tetraodon nigroviridis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | tni-mir-23a-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Tni-Mir-23-P2b Tni-Mir-23-P3 Tni-Mir-23-P4a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Dre-Mir-23-P1 Gmo-Mir-23-P1 Lch-Mir-23-P1 Loc-Mir-23-P1 Mal-Mir-23-P1 Pma-Mir-23-o1 Sto-Mir-23-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Tetraodon_nigroviridis.TETRAODON8.dna.toplevel) |
15_random: 3094562-3094622 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-23-P1) |
Mir-24-P1
15_random: 3093022-3093080 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-27-P1 15_random: 3094204-3094266 [-] UCSC Ensembl Mir-23-P1 15_random: 3094562-3094622 [-] UCSC Ensembl |
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Seed | UCACAUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGGACGCCGGGAUGGUGGAUUUAGCUGGAGGGAUUCCUGGCAGAGUGAUUUGGCUGUGAUGUAAUGUAAAUCACAUUGCCAGGGAUUUCCAACCAGCUAGAGCUGAAUGCGUCAGGUCCCCGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 AGGACGCCGGGAUGGUGGA- A--|GG A GGCUGUG UUUAGCUGG G AUUCCUGGCAG GUGAUUU A AGAUCGACC C UAGGGACCGUU CACUAAA U CCCCUGGACUGCGUAAGUCG AAC^UU A UGUAAUG . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Tni-Mir-23-P1_5p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GGAUUCCUGGCAGAGUGAUUU -21
Get sequence
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Mature sequence | Tni-Mir-23-P1_3p |
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mirBase accession | MIMAT0002913 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- AUCACAUUGCCAGGGAUUUCCA -61
Get sequence
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