| MirGeneDB ID | Sto-Mir-23-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-23 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Cloudy Catshark (Scyliorhinus torazame) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Sto-Mir-23-P2 Sto-Mir-23-P3 Sto-Mir-23-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Dre-Mir-23-P1 Gmo-Mir-23-P1 Lch-Mir-23-P1 Loc-Mir-23-P1 Mal-Mir-23-P1 Pma-Mir-23-o1 Tni-Mir-23-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_003427355_STO_add) |
BFAA01002570.1: 222579-222638 [-] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-23-P1) |
Mir-24-P1
BFAA01002570.1: 216501-216561 [-]
Mir-23-P1 BFAA01002570.1: 222579-222638 [-] |
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| Seed | UCACAUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UCGUUGCCUAGGUUUCCACUGUUGCUGAAGGGGAUUCCUGGUGAUGUGAUUUUCGACGAAUCGCAGAAUCACAUUGCCAGGGAUUACCAGUUGGUGACAUGUGUACCGCACCGGAACAAAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UCGUUGCCUAGGUUUCC- - UG UG AG -| UG UCGACG AC UGU C A GG GAUUCCUGG AUGUGAUUU \ UG ACA G U CC UUAGGGACC UACACUAAG A AAACAAGGCCACGCCAUG U GU GU GA A^ GU ACGCUA . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Sto-Mir-23-P1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GGGAUUCCUGGUGAUGUGAUUU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Sto-Mir-23-P1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- AUCACAUUGCCAGGGAUUACCAG -60
Get sequence
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