| MirGeneDB ID | Sto-Mir-23-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-23 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Cloudy Catshark (Scyliorhinus torazame) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Sto-Mir-23-P1 Sto-Mir-23-P2 Sto-Mir-23-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Cmi-Mir-23-P4 Dre-Mir-23-P4a Gmo-Mir-23-P4a Lch-Mir-23-P4 Loc-Mir-23-P4 Mal-Mir-23-P4a Tni-Mir-23-P4a Xla-Mir-23-P4c Xla-Mir-23-P4d Xtr-Mir-23-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_003427355_STO_add) |
BFAA01000014.1: 1434855-1434919 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-23-P4) |
Mir-23-P4
BFAA01000014.1: 1434855-1434919 [+]
Mir-27-P4 BFAA01000014.1: 1438467-1438532 [+] Mir-24-P4 BFAA01000014.1: 1439309-1439368 [+] |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UCACAUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAGCCCACUCCUCUCUUGCUGUGACUGUAGGGGUUCCUGGCAUUGUGAUUUAAUGAUUAAAUAAAAGUGAAAAAUCACAUUGCCAGGGAUUACCACAGAGUCACAGGCACAGGCAGCUGCUCGCGGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 CAGCCCACUCCUCUCUUG- --| A - U AAUGAUUAA CUGUGAC UGU GG GGUUCCUGGCA UGUGAUUU A GACACUG ACA CC UUAGGGACCGU ACACUAAA U GCGCUCGUCGACGGACACG AG^ - A U AAGUGAAAA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Sto-Mir-23-P4_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GGGUUCCUGGCAUUGUGAUUU -21
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Sto-Mir-23-P4_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
43- AUCACAUUGCCAGGGAUUACCA -65
Get sequence
|
