| MirGeneDB ID | Tni-Mir-101-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-101 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Pufferfish (Tetraodon nigroviridis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | tni-mir-101a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Tni-Mir-101-P1-v1 Tni-Mir-101-P2-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-101-P1-v1 Ami-Mir-101-P1-v1 Bta-Mir-101-P1-v1 Cfa-Mir-101-P1-v1 Cja-Mir-101-P1-v1 Cli-Mir-101-P1-v1 Cmi-Mir-101-P1-v1 Cpi-Mir-101-P1-v1 Cpo-Mir-101-P1-v1 Dno-Mir-101-P1-v1 Dre-Mir-101-P1-v1 Eca-Mir-101-P1-v1 Ete-Mir-101-P1-v1 Gga-Mir-101-P1-v1 Gja-Mir-101-P1-v1 Gmo-Mir-101-P1-v1 Hsa-Mir-101-P1-v1 Laf-Mir-101-P1-v1 Lch-Mir-101-P1 Loc-Mir-101-P1-v1 Mal-Mir-101-P1-v1 Mdo-Mir-101-P1-v1 Mml-Mir-101-P1-v1 Mmr-Mir-101-P1-v1 Mmu-Mir-101-P1-v1 Mun-Mir-101-P1-v1 Oan-Mir-101-P1-v1 Ocu-Mir-101-P1-v1 Pab-Mir-101-P1-v1 Pbv-Mir-101-P1-v1 Rno-Mir-101-P1-v1 Sha-Mir-101-P1-v1 Spt-Mir-101-P1c Spt-Mir-101-P1d Sto-Mir-101-P1-v1 Tgu-Mir-101-P1-v1 Xla-Mir-101-P1a-v1 Xla-Mir-101-P1b-v1 Xtr-Mir-101-P1-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Tetraodon_nigroviridis.TETRAODON8.dna.toplevel) |
1: 20355622-20355678 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-101-P1-v2) |
Mir-101-P1-v1
1: 20355621-20355679 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-101-P1-v2 1: 20355622-20355678 [+] UCSC Ensembl |
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| Variant | Tni-Mir-101-P1-v2 |
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| Seed | UACAGUA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GACUGCUAGAAAUGACGGGCUGCCCUGGUUCAGUUAUCACAGUGCUGAUGCUGUCCCCAUCGAAGGUACAGUACUGUGAUAACUGAAGGAUGGCUGCCAACUUGGCACGAAGAACCAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GACUGCUAGAAAUGACG--| U CUGG A GUCCC GGC GCC UUCAGUUAUCACAGUGCUG UGCU C CCG CGG AAGUCAAUAGUGUCAUGAC AUGG A ACCAAGAAGCACGGUUCAA^ U UAGG - AAGCU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Tni-Mir-101-P1-v2_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAGUUAUCACAGUGCUGAUGCUG -23
Get sequence
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| Mature sequence | Tni-Mir-101-P1-v2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0002903 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- GUACAGUACUGUGAUAACUGAA -57
Get sequence
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| Variant | Tni-Mir-101-P1-v1 |
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| Seed | ACAGUAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGACUGCUAGAAAUGACGGGCUGCCCUGGUUCAGUUAUCACAGUGCUGAUGCUGUCCCCAUCGAAGGUACAGUACUGUGAUAACUGAAGGAUGGCUGCCAACUUGGCACGAAGAACCAAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GGACUGCUAGAAAUGACG--| U CUGG A GUCCC GGC GCC UUCAGUUAUCACAGUGCUG UGCU C CCG CGG AAGUCAAUAGUGUCAUGAC AUGG A AACCAAGAAGCACGGUUCAA^ U UAGG - AAGCU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Tni-Mir-101-P1-v1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCAGUUAUCACAGUGCUGAUGCU -23
Get sequence
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| Mature sequence | Tni-Mir-101-P1-v1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0002903 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UACAGUACUGUGAUAACUGAAG -59
Get sequence
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