| MirGeneDB ID | Cpo-Mir-101-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-101 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Guinea pig (Cavia porcellus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cpo-mir-101-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cpo-Mir-101-P2-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-101-P1-v1 Ami-Mir-101-P1-v1 Bta-Mir-101-P1-v1 Cfa-Mir-101-P1-v1 Cja-Mir-101-P1-v1 Cli-Mir-101-P1-v1 Cmi-Mir-101-P1-v1 Cpi-Mir-101-P1-v1 Dno-Mir-101-P1-v1 Dre-Mir-101-P1-v1 Eca-Mir-101-P1-v1 Ete-Mir-101-P1-v1 Gga-Mir-101-P1-v1 Gja-Mir-101-P1-v1 Gmo-Mir-101-P1-v1 Hsa-Mir-101-P1-v1 Laf-Mir-101-P1-v1 Lch-Mir-101-P1 Loc-Mir-101-P1-v1 Mal-Mir-101-P1-v1 Mdo-Mir-101-P1-v1 Mml-Mir-101-P1-v1 Mmr-Mir-101-P1-v1 Mmu-Mir-101-P1-v1 Mun-Mir-101-P1-v1 Oan-Mir-101-P1-v1 Ocu-Mir-101-P1-v1 Pab-Mir-101-P1-v1 Pbv-Mir-101-P1-v1 Rno-Mir-101-P1-v1 Sha-Mir-101-P1-v1 Spt-Mir-101-P1c Spt-Mir-101-P1d Sto-Mir-101-P1-v1 Tgu-Mir-101-P1-v1 Tni-Mir-101-P1-v1 Xla-Mir-101-P1a-v1 Xla-Mir-101-P1b-v1 Xtr-Mir-101-P1-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (cavPor3) |
scaffold_2: 67531172-67531230 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-101-P1-v1) |
Mir-101-P1-v1
scaffold_2: 67531172-67531230 [+]
UCSC
Mir-101-P1-v2 scaffold_2: 67531173-67531229 [+] UCSC |
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| Variant | Cpo-Mir-101-P1-v1 |
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| Seed | ACAGUAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGAGCGCGCCGUCCUGCCGGCUGCCCUGGCUCAGUUAUCACAGUGCUGAUGCUGUGUGCUCCAAAGGUACAGUACUGUGAUAACUGAAGGAUGGCAGCCACCUCGCGGCCACGCGCCCGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GGAGCGCGCCGUCCUGCC--| CUGGC A UGUGUG GGCUGCC UCAGUUAUCACAGUGCUG UGC C CCGACGG AGUCAAUAGUGUCAUGAC AUG U GCCCGCGCACCGGCGCUCCA^ UAGGA - GAAACC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cpo-Mir-101-P1-v1_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0046947 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCAGUUAUCACAGUGCUGAUGC -22
Get sequence
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| Mature sequence | Cpo-Mir-101-P1-v1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0046948 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UACAGUACUGUGAUAACUGAAG -59
Get sequence
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| Variant | Cpo-Mir-101-P1-v2 |
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| Seed | UACAGUA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAGCGCGCCGUCCUGCCGGCUGCCCUGGCUCAGUUAUCACAGUGCUGAUGCUGUGUGCUCCAAAGGUACAGUACUGUGAUAACUGAAGGAUGGCAGCCACCUCGCGGCCACGCGCCCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GAGCGCGCCGUCCUGCC--| CUGGC A GUGUG GGCUGCC UCAGUUAUCACAGUGCUG UGCU C CCGACGG AGUCAAUAGUGUCAUGAC AUGG U CCCGCGCACCGGCGCUCCA^ UAGGA - AAACC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cpo-Mir-101-P1-v2_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0046947 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAGUUAUCACAGUGCUGAUGCU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Cpo-Mir-101-P1-v2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0046948 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- GUACAGUACUGUGAUAACUGAA -57
Get sequence
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