MirGeneDB 3.0
MirGeneDB ID

Dre-Mir-101-P1

Family name MIR-101 (all species)
Species Zebrafish (Danio rerio)
MiRBase ID dre-mir-101a
Paralogues Dre-Mir-101-P2-v1 
Orthologues Aca-Mir-101-P1-v1  Ami-Mir-101-P1-v1  Bta-Mir-101-P1-v1  Cfa-Mir-101-P1-v1  Cja-Mir-101-P1-v1  Cli-Mir-101-P1-v1  Cmi-Mir-101-P1-v1  Cpi-Mir-101-P1-v1  Cpo-Mir-101-P1-v1  Dno-Mir-101-P1-v1  Eca-Mir-101-P1-v1  Ete-Mir-101-P1-v1  Gga-Mir-101-P1-v1  Gja-Mir-101-P1-v1  Gmo-Mir-101-P1-v1  Hsa-Mir-101-P1-v1  Laf-Mir-101-P1-v1  Lch-Mir-101-P1  Loc-Mir-101-P1-v1  Mal-Mir-101-P1-v1  Mdo-Mir-101-P1-v1  Mml-Mir-101-P1-v1  Mmr-Mir-101-P1-v1  Mmu-Mir-101-P1-v1  Mun-Mir-101-P1-v1  Oan-Mir-101-P1-v1  Ocu-Mir-101-P1-v1  Pab-Mir-101-P1-v1  Pbv-Mir-101-P1-v1  Rno-Mir-101-P1-v1  Sha-Mir-101-P1-v1  Spt-Mir-101-P1c  Spt-Mir-101-P1d  Sto-Mir-101-P1-v1  Tgu-Mir-101-P1-v1  Tni-Mir-101-P1-v1  Xla-Mir-101-P1a-v1  Xla-Mir-101-P1b-v1  Xtr-Mir-101-P1-v1 
Node of Origin (locus) Vertebrata
Node of Origin (family) Vertebrata
Genome context
(danRer11)		 chr6: 31365458-31365516 [+] UCSC Ensembl
Clustered miRNAs
(< 50kb from Mir-101-P1-v1)		 Mir-101-P1-v1 chr6: 31365458-31365516 [+] UCSC Ensembl
Mir-101-P1-v2 chr6: 31365459-31365515 [+] UCSC Ensembl
Variant

Dre-Mir-101-P1-v1
Seed ACAGUAC
Precursor
(pre-Mir +30nt flank)		 
GAUCUGCUAGAUGUGACAGGCUGCCCUGGUUCAGUUAUCACAGUGCUGAUGCUGUCCAUCUUAAAGGUACAGUACUGUGAUAACUGAAGGAUGGCUGCCAUCUUGACAUCUUACCUCAA
Get precursor sequence
Structure
        10          20        30        40        50         
GAUCUGCUAGAUGUGACA--|  U   CUGG                   A   UGUCCA 
                    GGC GCC    UUCAGUUAUCACAGUGCUG UGC      U
                    CCG CGG    AAGUCAAUAGUGUCAUGAC AUG      C
AACUCCAUUCUACAGUUCUA^  U   UAGG                   -   GAAAUU 
       110       100        90        80        70         60
Deep sequencing
Go to detailed chart
3' NTU No
MotifsCNNC at 3p(+17), UGUG in loop
Tissue expression
- +
Br Br Em Ey Gu Gu He Li Li Ov Te
Star sequence

Dre-Mir-101-P1-v1_5p*
mirBase accessionNone
Sequence 
0- UCAGUUAUCACAGUGCUGAUGC -22
Get sequence
Mature sequence

Dre-Mir-101-P1-v1_3p
mirBase accessionMIMAT0001814
Sequence 
37- UACAGUACUGUGAUAACUGAAG -59
Get sequence
Proposed targets TargetScanFish: dre-miR-101a
Variant

Dre-Mir-101-P1-v2
Seed UACAGUA
Precursor
(pre-Mir +30nt flank)		 
AUCUGCUAGAUGUGACAGGCUGCCCUGGUUCAGUUAUCACAGUGCUGAUGCUGUCCAUCUUAAAGGUACAGUACUGUGAUAACUGAAGGAUGGCUGCCAUCUUGACAUCUUACCUCA
Get precursor sequence
Structure
        10          20        30        40        50        
AUCUGCUAGAUGUGACA--|  U   CUGG                   A    GUCCA 
                   GGC GCC    UUCAGUUAUCACAGUGCUG UGCU     U
                   CCG CGG    AAGUCAAUAGUGUCAUGAC AUGG     C
ACUCCAUUCUACAGUUCUA^  U   UAGG                   -    AAAUU 
     110       100        90        80        70         60
Deep sequencing
Go to detailed chart
3' NTU No
MotifsNo
Tissue expression
- +
Br Br Em Ey Gu Gu He Li Li Ov Te
Star sequence

Dre-Mir-101-P1-v2_5p*
mirBase accessionNone
Sequence 
0- CAGUUAUCACAGUGCUGAUGCU -22
Get sequence
Mature sequence

Dre-Mir-101-P1-v2_3p
mirBase accessionMIMAT0001814
Sequence 
35- GUACAGUACUGUGAUAACUGAA -57
Get sequence
Proposed targets TargetScanFish: dre-miR-101a