| MirGeneDB ID | Tni-Mir-101-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-101 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Pufferfish (Tetraodon nigroviridis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | tni-mir-101b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Tni-Mir-101-P1-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-101-P2-v1 Ami-Mir-101-P2-v1 Bta-Mir-101-P2-v1 Cfa-Mir-101-P2-v1 Cja-Mir-101-P2-v1 Cli-Mir-101-P2-v1 Cmi-Mir-101-P2-v1 Cpi-Mir-101-P2-v1 Cpo-Mir-101-P2-v1 Dno-Mir-101-P2-v1 Dre-Mir-101-P2-v1 Eca-Mir-101-P2-v1 Ete-Mir-101-P2-v1 Gga-Mir-101-P2-v1 Gja-Mir-101-P2-v1 Gmo-Mir-101-P2-v1 Hsa-Mir-101-P2-v1 Laf-Mir-101-P2-v1 Lch-Mir-101-P2 Loc-Mir-101-P2-v1 Mal-Mir-101-P2-v1 Mdo-Mir-101-P2-v1 Mml-Mir-101-P2-v1 Mmr-Mir-101-P2-v1 Mmu-Mir-101-P2-v1 Mun-Mir-101-P2-v1 Neu-Mir-101-P2-v1 Oan-Mir-101-P2-v1 Ocu-Mir-101-P2-v1 Pab-Mir-101-P2-v1 Pbv-Mir-101-P2-v1 Rno-Mir-101-P2-v1 Sha-Mir-101-P2-v1 Spt-Mir-101-P2 Sto-Mir-101-P2-v1 Tgu-Mir-101-P2-v1 Xla-Mir-101-P2a-v1 Xla-Mir-101-P2b-v1 Xtr-Mir-101-P2-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Tetraodon_nigroviridis.TETRAODON8.dna.toplevel) |
4: 1028860-1028918 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-101-P2-v1) |
Mir-101-P2-v1
4: 1028860-1028918 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-101-P2-v2 4: 1028861-1028917 [+] UCSC Ensembl |
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| Variant | Tni-Mir-101-P2-v1 |
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| Seed | ACAGUAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AAGGGGGAGCCAACUAUGAACUGUCCAUUUUCGGUUAUCAUGGUACCGCUGCUGUGUCCCUCUCAAGUACAGUACUAUGAUAACUGAAGAUUGGCAGUGCCAUCACAAGACACUCCUCUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AAGGGGGAGCCAACUAUGA--| C CGC GUGUC ACUGUC AUUUUCGGUUAUCAUGGUAC UGCU C UGACGG UAGAAGUCAAUAGUAUCAUG AUGA C UCUCCUCACAGAACACUACCG^ U AC- ACUCU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Tni-Mir-101-P2-v1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCGGUUAUCAUGGUACCGCUGCU -23
Get sequence
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| Mature sequence | Tni-Mir-101-P2-v1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0003040 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UACAGUACUAUGAUAACUGAAG -59
Get sequence
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| Variant | Tni-Mir-101-P2-v2 |
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| Seed | UACAGUA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGGGGGAGCCAACUAUGAACUGUCCAUUUUCGGUUAUCAUGGUACCGCUGCUGUGUCCCUCUCAAGUACAGUACUAUGAUAACUGAAGAUUGGCAGUGCCAUCACAAGACACUCCUCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AGGGGGAGCCAACUAUGA--| C CGC GUGUC ACUGUC AUUUUCGGUUAUCAUGGUAC UGCU C UGACGG UAGAAGUCAAUAGUAUCAUG AUGA C CUCCUCACAGAACACUACCG^ U AC- ACUCU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Tni-Mir-101-P2-v2_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CGGUUAUCAUGGUACCGCUGCUG -23
Get sequence
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| Mature sequence | Tni-Mir-101-P2-v2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0003040 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- GUACAGUACUAUGAUAACUGAA -57
Get sequence
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