| MirGeneDB ID | Cmi-Mir-101-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-101 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Australian ghostshark (Callorhinchus milii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cmi-Mir-101-P1-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-101-P2-v1 Ami-Mir-101-P2-v1 Bta-Mir-101-P2-v1 Cfa-Mir-101-P2-v1 Cja-Mir-101-P2-v1 Cli-Mir-101-P2-v1 Cpi-Mir-101-P2-v1 Cpo-Mir-101-P2-v1 Dno-Mir-101-P2-v1 Dre-Mir-101-P2-v1 Eca-Mir-101-P2-v1 Ete-Mir-101-P2-v1 Gga-Mir-101-P2-v1 Gja-Mir-101-P2-v1 Gmo-Mir-101-P2-v1 Hsa-Mir-101-P2-v1 Laf-Mir-101-P2-v1 Lch-Mir-101-P2 Loc-Mir-101-P2-v1 Mal-Mir-101-P2-v1 Mdo-Mir-101-P2-v1 Mml-Mir-101-P2-v1 Mmr-Mir-101-P2-v1 Mmu-Mir-101-P2-v1 Mun-Mir-101-P2-v1 Neu-Mir-101-P2-v1 Oan-Mir-101-P2-v1 Ocu-Mir-101-P2-v1 Pab-Mir-101-P2-v1 Pbv-Mir-101-P2-v1 Rno-Mir-101-P2-v1 Sha-Mir-101-P2-v1 Spt-Mir-101-P2 Sto-Mir-101-P2-v1 Tgu-Mir-101-P2-v1 Tni-Mir-101-P2-v1 Xla-Mir-101-P2a-v1 Xla-Mir-101-P2b-v1 Xtr-Mir-101-P2-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_000165045.2_Callorhinchus_milii-6.1.3) |
KI635975.1: 375730-375787 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-101-P2-v1) |
Mir-101-P2-v1
KI635975.1: 375730-375787 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-101-P2-v2 KI635975.1: 375731-375786 [-] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Cmi-Mir-101-P2-v1 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | ACAGUAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGAGACCCAGGAAACCUGAACUGUCCUUUUUCAGUUAUCACAGUACCGGUGCUGUUUUUCAAGAGGUACAGUACUGUGAUAGCUGAAGAGUGGCAGUGCCAAUACAAGACAACCACAUGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 GGAGACCCAGGAAACCUGA--| C CG GUUUU ACUGUC UUUUUCAGUUAUCACAGUAC GUGCU \ UGACGG GAGAAGUCGAUAGUGUCAUG CAUGG U UACACCAACAGAACAUAACCG^ U A- AGAAC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Cmi-Mir-101-P2-v1_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCAGUUAUCACAGUACCGGUGCU -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Cmi-Mir-101-P2-v1_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- UACAGUACUGUGAUAGCUGAAG -58
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Cmi-Mir-101-P2-v2 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UACAGUA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAGACCCAGGAAACCUGAACUGUCCUUUUUCAGUUAUCACAGUACCGGUGCUGUUUUUCAAGAGGUACAGUACUGUGAUAGCUGAAGAGUGGCAGUGCCAAUACAAGACAACCACAGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 GAGACCCAGGAAACCUGA--| C CG GUUUU ACUGUC UUUUUCAGUUAUCACAGUAC GUGCU \ UGACGG GAGAAGUCGAUAGUGUCAUG CAUGG U ACACCAACAGAACAUAACCG^ U A- AGAAC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Cmi-Mir-101-P2-v2_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAGUUAUCACAGUACCGGUGCUGU -24
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Cmi-Mir-101-P2-v2_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
34- GUACAGUACUGUGAUAGCUGAA -56
Get sequence
|
