| MirGeneDB ID | Mmu-Mir-101-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-101 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | House mouse (Mus musculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | mmu-mir-101b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Mmu-Mir-101-P1-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-101-P2-v1 Ami-Mir-101-P2-v1 Bta-Mir-101-P2-v1 Cfa-Mir-101-P2-v1 Cja-Mir-101-P2-v1 Cli-Mir-101-P2-v1 Cmi-Mir-101-P2-v1 Cpi-Mir-101-P2-v1 Cpo-Mir-101-P2-v1 Dno-Mir-101-P2-v1 Dre-Mir-101-P2-v1 Eca-Mir-101-P2-v1 Ete-Mir-101-P2-v1 Gga-Mir-101-P2-v1 Gja-Mir-101-P2-v1 Gmo-Mir-101-P2-v1 Hsa-Mir-101-P2-v1 Laf-Mir-101-P2-v1 Lch-Mir-101-P2 Loc-Mir-101-P2-v1 Mal-Mir-101-P2-v1 Mdo-Mir-101-P2-v1 Mml-Mir-101-P2-v1 Mmr-Mir-101-P2-v1 Mun-Mir-101-P2-v1 Neu-Mir-101-P2-v1 Oan-Mir-101-P2-v1 Ocu-Mir-101-P2-v1 Pab-Mir-101-P2-v1 Pbv-Mir-101-P2-v1 Rno-Mir-101-P2-v1 Sha-Mir-101-P2-v1 Spt-Mir-101-P2 Sto-Mir-101-P2-v1 Tgu-Mir-101-P2-v1 Tni-Mir-101-P2-v1 Xla-Mir-101-P2a-v1 Xla-Mir-101-P2b-v1 Xtr-Mir-101-P2-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (mm10) |
chr19: 29135302-29135360 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-101-P2-v1) |
Mir-101-P2-v1
chr19: 29135302-29135360 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-101-P2-v2 chr19: 29135303-29135359 [+] UCSC Ensembl |
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| Variant | Mmu-Mir-101-P2-v1 |
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| Seed | ACAGUAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAGGUAGAUCUGAGACUGAACUGCCCUUUUUCGGUUAUCAUGGUACCGAUGCUGUAGCUCUGAAAGGUACAGUACUGUGAUAGCUGAAGAAUGGCGGUGCCAUCACGUUGAGGGGAGGCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CAGGUAGAUCUGAGACUGA--| C CGA GUAGC ACUGCC UUUUUCGGUUAUCAUGGUAC UGCU U UGGCGG AAGAAGUCGAUAGUGUCAUG AUGG C CGGAGGGGAGUUGCACUACCG^ U AC- AAAGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Mmu-Mir-101-P2-v1_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0017046 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCGGUUAUCAUGGUACCGAUGCU -23
Get sequence
|
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mmu-miR-101b-5p miRDB: MIMAT0017046 |
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| Mature sequence | Mmu-Mir-101-P2-v1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0000616 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UACAGUACUGUGAUAGCUGAAG -59
Get sequence
|
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000616 TargetScanVert: mmu-miR-101b-3p.1 miRDB: MIMAT0000616 |
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| Variant | Mmu-Mir-101-P2-v2 |
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| Seed | UACAGUA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGGUAGAUCUGAGACUGAACUGCCCUUUUUCGGUUAUCAUGGUACCGAUGCUGUAGCUCUGAAAGGUACAGUACUGUGAUAGCUGAAGAAUGGCGGUGCCAUCACGUUGAGGGGAGGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AGGUAGAUCUGAGACUGA--| C CGA GUAGC ACUGCC UUUUUCGGUUAUCAUGGUAC UGCU U UGGCGG AAGAAGUCGAUAGUGUCAUG AUGG C GGAGGGGAGUUGCACUACCG^ U AC- AAAGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Mmu-Mir-101-P2-v2_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0017046 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CGGUUAUCAUGGUACCGAUGCUG -23
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mmu-miR-101b-5p miRDB: MIMAT0017046 |
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| Mature sequence | Mmu-Mir-101-P2-v2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0000616 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- GUACAGUACUGUGAUAGCUGAA -57
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000616 TargetScanVert: mmu-miR-101b-3p.1 miRDB: MIMAT0000616 |
