| MirGeneDB ID | Tgu-Mir-455 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-455 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Zebra finch (Taeniopygia guttata) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | tgu-mir-455 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-455-v1 Ami-Mir-455-v1 Bta-Mir-455-v1 Cfa-Mir-455-v1 Cja-Mir-455-v1 Cli-Mir-455-v1 Cmi-Mir-455-v1 Cpi-Mir-455-v1 Cpo-Mir-455-v1 Dno-Mir-455-v1 Ebu-Mir-455-v1 Eca-Mir-455-v1 Ete-Mir-455-v1 Gga-Mir-455-v1 Gja-Mir-455 Hsa-Mir-455-v1 Laf-Mir-455-v1 Lch-Mir-455 Loc-Mir-455-v1 Mdo-Mir-455-v1 Mml-Mir-455-v1 Mmr-Mir-455-v1 Mmu-Mir-455-v1 Mun-Mir-455 Oan-Mir-455-v1 Ocu-Mir-455-v1 Pab-Mir-455-v1 Pbv-Mir-455 Pma-Mir-455 Rno-Mir-455-v1 Sha-Mir-455-v1 Spt-Mir-455 Sto-Mir-455-v1 Xtr-Mir-455 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (TaeGut1_add) |
17: 5531296-5531353 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-455-v1) |
Mir-455-v2
17: 5531295-5531354 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-455-v3 17: 5531295-5531354 [+] UCSC Ensembl Mir-455-v1 17: 5531296-5531353 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Tgu-Mir-455-v1 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AUGUGCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUGGAGUCCUCCUGAUCCCUGGUGUGAGGGUAUGUGCCCUUGGACUACAUCGUGGAAGCCAGCACCAUGCAGUCCAUGGGCAUAUACACUUGCCUCAAGGUUUAUUUCAUCUCGGCUGGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 CUGGAGUCCUCCUGAUC- -| U UG G U A C UGGAA CC UGG G AG GUAUGUGCCC UGGACU CAU G G GG ACU C UC CAUAUACGGG ACCUGA GUA C C GUCGGCUCUACUUUAUUU A^ C GU A U C C ACGAC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Tgu-Mir-455-v1_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0014655 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAUGUGCCCUUGGACUACAUCG -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Tgu-Mir-455-v1_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0014610 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- AUGCAGUCCAUGGGCAUAUACA -58
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Tgu-Mir-455-v2 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CAGUCCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCUGGAGUCCUCCUGAUCCCUGGUGUGAGGGUAUGUGCCCUUGGACUACAUCGUGGAAGCCAGCACCAUGCAGUCCAUGGGCAUAUACACUUGCCUCAAGGUUUAUUUCAUCUCGGCUGCGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 CCUGGAGUCCUCCUGAU--| C U UG G U A CGUGGAA CC UGG G AG GUAUGUGCCC UGGACU CAU G GG ACU C UC CAUAUACGGG ACCUGA GUA C CGUCGGCUCUACUUUAUUU^ A C GU A U C CCACGAC . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Tgu-Mir-455-v2_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0014655 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GUAUGUGCCCUUGGACUACAU -21
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Tgu-Mir-455-v2_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0014610 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- GCAGUCCAUGGGCAUAUACAC -60
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Tgu-Mir-455-v3 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GCAGUCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCUGGAGUCCUCCUGAUCCCUGGUGUGAGGGUAUGUGCCCUUGGACUACAUCGUGGAAGCCAGCACCAUGCAGUCCAUGGGCAUAUACACUUGCCUCAAGGUUUAUUUCAUCUCGGCUGCGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 CCUGGAGUCCUCCUGAU--| C U UG G U A CGUGGAA CC UGG G AG GUAUGUGCCC UGGACU CAU G GG ACU C UC CAUAUACGGG ACCUGA GUA C CGUCGGCUCUACUUUAUUU^ A C GU A U C CCACGAC . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Tgu-Mir-455-v3_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0014655 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GUAUGUGCCCUUGGACUACAUC -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Tgu-Mir-455-v3_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0014610 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UGCAGUCCAUGGGCAUAUACAC -60
Get sequence
|
