MirGeneDB ID | Pma-Mir-455 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-455 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Sea Lamprey (Petromyzon marinus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-455-v1 Ami-Mir-455-v1 Bta-Mir-455-v1 Cfa-Mir-455-v1 Cja-Mir-455-v1 Cli-Mir-455-v1 Cmi-Mir-455-v1 Cpi-Mir-455-v1 Cpo-Mir-455-v1 Dno-Mir-455-v1 Dre-Mir-455-P1-v1 Dre-Mir-455-P2-v1 Ebu-Mir-455-v1 Eca-Mir-455-v1 Ete-Mir-455-v1 Gga-Mir-455-v1 Gja-Mir-455 Gmo-Mir-455-P1-v1 Gmo-Mir-455-P2-v1 Hsa-Mir-455-v1 Laf-Mir-455-v1 Lch-Mir-455 Loc-Mir-455-v1 Mal-Mir-455-P1-v1 Mal-Mir-455-P2-v1 Mdo-Mir-455-v1 Mml-Mir-455-v1 Mmr-Mir-455-v1 Mmu-Mir-455-v1 Mun-Mir-455 Oan-Mir-455-v1 Ocu-Mir-455-v1 Pab-Mir-455-v1 Pbv-Mir-455 Rno-Mir-455-v1 Sha-Mir-455-v1 Spt-Mir-455 Sto-Mir-455-v1 Tgu-Mir-455-v1 Tni-Mir-455-P1-v1 Tni-Mir-455-P2-v1 Xla-Mir-455-P3 Xla-Mir-455-P4 Xtr-Mir-455 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_010993605.1_kPetMar1.pri_genomic) |
NC_046127.1: 1877745-1877804 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GCAGUCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCGGUGAGCAGGGCUCGGCUGGCGGUGAGAGUAUGUGCCCCUGGACCACAUCGUACAUGUCCUCACCAUGCAGUCCGUGGGCAUAUACACUCACUGCCAGCAUCGUCAUCAACAUCGUCAGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 GCGGUGAGCAGGGCUCG--| A C CA CGUACAU GCUGGCGGUGAG GUAUGUGCCC UGGAC CAU G CGACCGUCACUC CAUAUACGGG GCCUG GUA U ACUGCUACAACUACUGCUA^ A U AC CCACUCC . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Pma-Mir-455_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GUAUGUGCCCCUGGACCACAUC -22
Get sequence
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Mature sequence | Pma-Mir-455_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- UGCAGUCCGUGGGCAUAUACAC -60
Get sequence
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